R中的输出中缺少用户定义的对比代码对比

Question

我想创建三个对比代码以包含在 R 中的回归/ANOVA 分析中。

我尝试了两种不同的方法，虽然代码出现在对比矩阵中，但它没有出现在我的回归/ANOVA 输出中

这是我用来创建对比并将它们分配给感兴趣的条件的一种方法：

c1 <- c(1, 0, -1)
c2 <- c(1, -2, 1)
c3 <- c(2, -1, -1)

mat <- cbind(c1,c2,c3)
contrasts(df$condition) <- mat

然后我在回归分析中使用它：

summary(lm(Diff ~ condition, df))

这是我输出的系数：

Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)  42.6679     0.4249 100.425   <2e-16 ***
conditionc1   1.0108     0.5169   1.955   0.0524 .  
conditionc2   0.7829     0.3024   2.589   0.0106 *  

我期待的是 c1、c2 和 c3 的系数，但我不明白为什么我不能生成这个。

以下是我正在处理的数据：

structure(list(condition = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L), .Label = c("prompt_explicit", "prompt_gen", "prompt_less"
), contrasts = structure(c(1, 0, -1, 1, -2, 1), .Dim = 3:2, .Dimnames = list(
    c("prompt_explicit", "prompt_gen", "prompt_less"), c("c1", 
    "c2"))), class = "factor"), Diff = c(44L, 40L, 40L, 40L, 
40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 60L, 44L, 50L, 40L, 40L, 40L, 60L, 
40L, 44L, 40L, 40L, 52L, 50L, 50L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 
40L, 40L, 40L, 50L, 40L, 60L, 42L, 42L, 40L, 48L, 40L, 60L, 40L, 
40L, 40L, 44L, 50L, 50L, 60L, 42L, 60L, 50L, 40L, 40L, 40L, 56L, 
40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 
40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 60L, 50L, 40L, 44L, 40L, 60L, 40L, 42L, 
50L, 50L, 42L, 46L, 40L, 40L, 50L, 40L, 40L, 40L, 44L, 42L, 40L, 
40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 46L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 
40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 42L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 
40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 42L, 40L, 48L, 46L, 
50L, 44L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 40L, 50L, 52L, 
40L, 40L, 40L, 40L)), row.names = c(NA, -151L), class = "data.frame")

这里有什么我遗漏的吗？

Answer 1

您的因子有 3 个水平，应该是 2 个对比度水平，因为线性模型将包含截距。由于您指定了三个，因此只使用前两个。

我猜你想测试你的具体假设，所以你可以先拟合模型：

contrasts(df$condition) = NULL
fit = lm(Diff ~ condition, df)

然后提供你要测试的对比矩阵：

library(multcomp)
summary(glht(fit,linfct=t(mat)))

 Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses

Fit: lm(formula = Diff ~ condition, data = df)

Linear Hypotheses:
        Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
c1 == 0   46.483      1.625   28.61   <2e-16 ***
c2 == 0   49.159      2.205   22.29   <2e-16 ***
c3 == 0   94.304      3.079   30.62   <2e-16 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Adjusted p values reported -- single-step method)

Answer 2

对于具有三个级别的因素来说，这绝对是正常情况。如果你想要c1, c2, c3，那么你可以使用contrasts(df$condition, 3) <- mat，但在回归之后，它将返回NA's for c3。