【问题标题】:output plot from knitr custom engine chunk来自 knitr 自定义引擎块的输出图
【发布时间】:2021-09-25 04:28:36
【问题描述】:

我使用knitr::knit_engines$set() 为 knitr 创建了一个自定义块引擎,它采用一些 YAML 规范,解释它们,并创建一个绘图作为输出。如果将 knitr 文档呈现为 HTML,我让它创建闪亮的输出,我使用 htmltools::knit_print.shiny.tag() 将其转换为 HTML,并且效果很好。但是,如果我渲染为 pdf/docx/odf,我会创建一个静态绘图对象而不是闪亮的输出。这一点很好,但我能得到它渲染的只是情节的文本表示(即列表对象),而不是情节的图像。

我需要以某种方式将图像(我假设)传递给 knitr::knit_engines$set() 的输出,但是如果我尝试将绘图保存到 png 然后将其作为输出传递,我只会得到文本表示代替文件路径。

knitr::knit_engines$set(example = function(options) {
  #### read options$code and do stuff - works fine
  p <- ggplot(data = mpg) + geom_jitter(aes(x = cty, y = hwy))

  ##### output results
  # Shiny - outputs html text. Works fine
  if(knitr::opts_knit$get("rmarkdown.pandoc.to") == "html"){
    shiny::plotOutput(p) %>%
      htmltools::knit_print.shiny.tag()

  # Static output formats (pdf, etc)
  } else {
    #### attempt 1 ####
    p # returns list object
  
    #### attempt 2 ####
    ggsave(filename = here("temp", "out.png"), plot = p)
    knitr::include_graphics(here("temp", "out.png")) # Returns here("temp", "out.png")
  }
})

我浏览了 Github 上的 knitr/R/engine.R 以寻找灵感,但只是迷路了。

【问题讨论】:

  • 如果可能,您应该包含一个可重现的示例。它不需要是您的真实代码,只需一些简短的行为方式即可,因此我们可以尝试一下,看看建议是否有效。
  • 如果将p # returns list object 替换为print(p) # returns list object,是否会得到相同的结果?
  • 不幸的是 print(p) 和 plot(p) 都返回和返回 p 一样

标签: r ggplot2 latex knitr


【解决方案1】:

这个“失败”的原因是knitr::include_graphics() 以这种方式工作:它返回一个包含路径(和一些附加参数)的structure,在 PDF/LaTeX 输出的情况下,它只导致路径正在打印。

相反,您需要通过knitr::engine_output 将结构传递给输出挂钩:

imgpath <- here("temp", "out.pdf")
ggsave(plot = p,
       filename = imgpath, 
       device = "pdf", 
       width = 15, height = 8, units = "cm")
knitr::engine_output(
      options, 
      out = list(knitr::include_graphics(imgpath))
      )

(请注意,我将图像保存为 PDF,我发现它比光栅图像更容易处理。)

```{example}
This is your example engine chunk.
```

【讨论】:

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