如何获取 knitr .Rnw 文档中使用的软件包列表？答案

【问题标题】：How to get list of packages used in a knitr .Rnw document?如何获取 knitr .Rnw 文档中使用的软件包列表？
【发布时间】：2013-10-05 17:39:16
【问题描述】：

使用 RStudio --> 编译 PDF

在要使用 pdflatex 处理的 .Rnw 文档中，我想获取所有列表通过文档中的 library() 或 require() 加载的用户（我）包。我试过了使用 sessionInfo()，如

   \AtEndDocument{
   \medskip
   \textbf{Packages used}: \Sexpr{names(sessionInfo()$loadedOnly)}.
   }

然而，这只是 knitr 本身使用的包列表，

使用的包：digest、evaluate、formatR、highr、stringr、tools。

不是我明确提到的那些。我相信这是因为 knitr 运行内部环境中的代码块，但我不知道如何访问它。

我知道使用 cache=TRUE; 创建的文件 cache/__packages;有没有有什么方法可以在不缓存的情况下自动生成？

【问题讨论】：

标签： r latex knitr

【解决方案1】：

没有缓存（cache = FALSE），你想要的基本上就是

unique(c(.packages(), loadedNamespaces()))

启用缓存后会稍微复杂一些，因为包名也会被缓存；第二次编译文档时，除非您使缓存无效，否则不会加载这些包。在这种情况下，正如您所注意到的，有一个文件cache/__packages，您可以在那里读取包名称，所以

unique(c(.packages(), loadedNamespaces(), readLines('cache/__packages')))

正如@sebastian-c 指出的那样，您可能希望使代码更健壮（例如首先检查cache/__packages 是否存在），并从列表中排除某些包（例如knitr 及其朋友）。

【讨论】：

【解决方案2】：

所以你想要的是除了基本包和 knitr 之外的所有已加载的包。如果我然后列出所有包并排除它们，你会得到你想要的：

p <- setdiff(.packages(), 
        c("knitr", "stats", "graphics", "grDevices", "utils", "datasets", 
          "methods", "base"))
p

如果您正在制作有关在 knitr 中制作东西的 knitr 文档，或者您想显式加载基础包，则必须做出一些例外。

【讨论】：

【解决方案3】：

这种方法的问题是序言中 \AtEndDocument{} 块中的 \Sexpr{} 被评估为 knit-time （.Rnw 文件的开头，因此它返回一个空列表。在生成的 .tex 文件中，它显示为

\AtEndDocument{
\medskip
\textbf{Packages used}: .
}

唯一可行的方法是在 .Rnw 文件的末尾包含显式生成此文本的代码（在我的情况下是一个子文档，例如，

...
\bibliography{graphics,statistics}

Inside child document:
\textbf{Packages used}: \Sexpr{setdiff(.packages(), 
        c("knitr", "stats", "graphics", "grDevices", "utils", "datasets", 
          "methods", "base"))}.

【讨论】：

您不应将 LaTeX 编程与 R 编程混用。 R/knitr 不知道 LaTeX 语法。如果你想避免重复这部分文档，你可以把它放在一个子文档中，这样它就可以被所有文档重复使用。

【解决方案4】：

一种有些不同，也许更明确和详细的方法，扩展了之前给出的答案。这将出现在一本书的\backmatter 中。值nColOut 是包含使用的包列表的打印表的列数。

\cleardoublepage
\printindex

\cleardoublepage

\chapter*{Packages}

<<packages, cache = FALSE, echo = FALSE, warning = FALSE, results = "asis">>=
nColOut = 7
packsAll <- unique(c(.packages(), loadedNamespaces(), readLines('cache/__packages')))
packsReduced <- setdiff(packsAll,
  c("knitr", "stats", "graphics", "grDevices", "utils", "datasets", "methods", "base"))
howManyPacks <- packsReduced %>%
  length()
numLines <-
  tibble(numPacks = howManyPacks + 0:(nColOut - 1),
    n = numPacks %% nColOut)
howManyToAdd <- numLines %>%
  filter(n == 0) %>%
  mutate(diff = numPacks - howManyPacks) %>%
  pull(diff)
packsReduced %>%
  sort() %>%
  as_tibble() %>%
  add_row(value = rep('', howManyToAdd)) %>%
  mutate(id = rep(1:(length(value) / nColOut), nColOut),
    col =  rep(letters[1 : nColOut], each = length(value) / nColOut)) %>%
  pivot_wider(names_from = col, values_from = value) %>%
  select(-id) %>%
  kable("latex", booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>%
  kable_styling(latex_options = "repeat_header") %>%
  row_spec(0, align = "c")
@

【讨论】：