knitr：在 Rmd 文档中编织单独的 Rnw 文档答案

【问题标题】：knitr: Knitting separate Rnw documents within an Rmd documentknitr：在 Rmd 文档中编织单独的 Rnw 文档
【发布时间】：2014-02-10 21:24:39
【问题描述】：

我有一个主 R 降价文档 (Rmd)，我想在其中 knit 几个单独 Rnw 文档（没有子文档）在其中一个块中。但是，当我在 Rnw 文档上调用 knit 时，包含的 R 代码块似乎没有被处理，导致尝试在它们上运行 texi2pdf 时出错。

情况说明：

在主人里面。Rmd：

```{r my_chunk, echo=FALSE, message=FALSE, results='asis'}

... some code ...

knit("sub.**Rnw**", output = ..., quiet = TRUE)

tools::texi2pdf(tex_file)

... some code ...


```

是否需要一些额外的配置才能使这个场景工作？

【问题讨论】：

+1 如果至少作为 XLConnect 的提示。
不是很好的解决方案，但您可以通过从 .Rmd 调用新进程来实现：system("R -e \"knitr::knit('sub.Rnw')\"")
MWE 在这里会有所帮助。您希望最终文档包含来自 knit("sub.Rnw", ...) 的输出，还是只是从单个主 Rnw 文件生成单独的 pdf？
这个想法是从单个主 Rmd 页面生成单独的 PDF
如果您提供简短、完整的 Rmd 和 sub.Rnw 文档，其他人可以更轻松地调试您的问题。对于一个不完整的示例文件，您可以让我们猜测您做了什么。

标签： r knitr sweave r-markdown

【解决方案1】：

有几个原因你不能直接做你想做的事（在knit 环境中调用knit）...

针织图案已设置。
[在这种情况下，降价模式，所以你需要将模式设置为“rnw”模式。 ]
解析区块（在设置正确的模式之后）会将区块标签添加到现有的索引中，因此除非所有区块都是唯一的，否则您将收到重复的区块标签错误。
[这就是 knit_child 存在的原因。 ]
已经设置了输出目标和其他选项，因此您要么需要一个全新的 knitr 环境，要么保存、修改、恢复所有相关选项。

话虽如此，这似乎是完全预期的行为。

类似的东西

library(knitr)

files <- list.files( pattern = "*.Rnw", path = ".")
files

## [1] "test_extB.Rnw" "test_ext.Rnw"

for( f in files ) {
  system( paste0("R -e \"knitr::knit2pdf('", f, "')\"") )
}

list.files( pattern="*.pdf", path=".")

## [1] "test_extB.pdf" "test_ext.pdf"

或在循环中调用Rscript 应该可以解决问题（根据提供的信息），这基本上是@kohske 在 cmets 中所表达的。

【讨论】：