knitr 使用 RStudio 编译问题（windows）答案

【问题标题】：knitr compile problems with RStudio (windows)knitr 使用 RStudio 编译问题（windows）
【发布时间】：2013-02-09 00:12:14
【问题描述】：

我有一个基于 knitr 的 Rnw 文件，该文件在 Mac (v0.97.316) 和 knitr (v1.1) 上的 RStudio 中完美编译为 pdf，但在 Windows 环境中（相同版本）我收到编译错误。我已经在两种环境中检查了 RStudio 中的选项，它们是一致的。

Windows 安装程序似乎总是在“.tex”文件中注入：“\SweaveOpts{concordance=TRUE}”，即使我在 Rnw 文件中没有这样的标志，和/或如果我在首选项，和/或如果我将“opts_knit$set(concordance=FALSE)”选项添加到 knitr 设置块。如果我从“.tex”文件中删除该行并在 cmd 提示符下手动编译它，则会按预期生成输出。

我不确定这是否是 RStudio 或 knitr 问题，但任何指针将不胜感激。

注意，我还在 RStudio 支持板上 (http://support.rstudio.org/help/discussions/problems/5039-knitr-compile-problems-with-rstudio-windows?unresolve=true) 发布了这个问题。

【问题讨论】：

标签： r knitr rstudio

【解决方案1】：

它注入\SweaveOpts{concordance=TRUE}的原因可能是你的编织器是Sweave而不是knitr，并且你还启用了Rnw concordance：http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/rnw_weave但我不能肯定这不是一个错误Windows 版本的 RStudio。无论如何，很容易验证是否是 RStudio 问题——打开Compile PDF 面板，您应该会看到如下日志：

如果你的织布工是 Sweave，你会看到类似这样的东西：

这是我的配置（我在 Ubuntu 下）：

如果你确实在使用knitr，而RStudio仍然插入\SweaveOpts{concordance=TRUE}，我想这一定是RStudio的一个错误。

【讨论】：

感谢您的回复，但是是的，我已经激活了 knitr 设置，日志的第一部分确认 knitr 正在使用中。实际上，看起来是我没有在 Rnw 文件中发现当我切换环境时必须添加的行。

【解决方案2】：

我在 2016 年 4 月 24 日下载为“KFAS-master.zip”的“R CMD build KFAS-master”遇到了这个问题，点击 GitHub 上的 KFAS (https://github.com/helske/KFAS) 上的“下载 ZIP”。我无法复制该问题，但我使用的解决方法是找到弹出窗口中提到的行（复制如下），并在其前面加上“%%”将其注释掉。

下载后解压，将文件夹名称改为“KFAS”。然后我得到一个命令提示符并导航到包含重命名为 KFAS 的 KFAS-master 文件夹的目录。这次“R CMD build KFAS”按预期工作。然后我在 RStudio 0.99.893 中打开 ~KFAS/vignettes/KFAS.Rmw，当前版本为 2016-04-26。我改变了一些东西并保存了结果。当我重复“R CMD build KFAS”时，我得到了下图所示的问题。

Jouni Helske 将我引导至此帖子。我通过在“\SweaveOpts{concordance=TRUE}”前面加上“%%”来注释掉下面屏幕截图中提到的第 69 行。我保存了结果，“R CMD build KFAS”工作了。

似乎偶尔会在 *.Rnw 文件中插入像“\SweaveOpts{concordance=TRUE}”这样的行，但我不知道它是什么。我在装有 OS X 10.11.2 的 MacBook Pro 上运行 R 3.2.4。

感谢 Yihui 和其他人在此线程中的早期帖子。

screen shot showing pop-up complaining, "It seems you are using the Sweave-specific syntax in line(s) 69... ."

【讨论】：

【解决方案3】：

即使 knitr 默认设置为“使用编织 Rnw 文件”，我也遇到了同样的问题。

我通过转到工具/全局选项/Sweave 并将“使用编织 Rnw 文件”设置为 Sweave 并按 Ok 解决了这个问题。然后，我返回并将其设置回knitr，现在一切正常。

我猜这确实是 Rstudio 的错误

【讨论】：