尝试创建邻接矩阵时不支持 igraph 错误长向量答案

【问题标题】：igraph error long vectors not supported yet when trying to create adjacency matrix尝试创建邻接矩阵时不支持 igraph 错误长向量
【发布时间】：2020-01-27 20:01:09
【问题描述】：

我正在尝试在 R 中执行社交网络分析，但在使用 igraph 包从非常大的矩阵创建邻接矩阵时遇到了一些麻烦。主要矩阵之一是 10998555876 个大元素 (82 Gb) - 从具有 176881 行的数据集创建。

我在运行时遇到的错误：

adjacency_matrix <- graph.adjacency(one_mode_matrix, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag = TRUE)

如下：

Error in graph.adjacency.dense(adjmatrix, mode = mode, weighted = weighted, : 
long vectors not supported yet: ../../src/include/Rinlinedfuns.h:519

数据是双模，所以我不得不转置它以获得具有我感兴趣的单位的单模矩阵。之前用于创建矩阵的代码是：

graph <- graph.data.frame(data, directed = FALSE) # Making a graph object from the dataframe.
types <- bipartite.mapping(graph)$type 
matrix <- as_incidence_matrix(graph, types = type) # Creating a  two-mode matrix.

one_mode_matrix <- tcrossprod(matrix) # Transposing to get one-mode matrix.
diag(matrix) <- 0 
mode(matrix) <- "numeric" 

adjacency_matrix <- graph.adjacency(one_mode_matrix, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag = FALSE) # This is where things break down.

做过一些研究，例如在这个线程 https://github.com/igraph/rigraph/issues/255 中，它看起来像是 R 基础中的一个问题。在我看来（不是这些事情的专家）igraph 正试图以 R 无法处理的格式创建一个对象，因为它太大了（？）有人知道如何处理这个问题吗？也许还有其他用于创建邻接矩阵的包可以在大型矩阵上做得更好？

【问题讨论】：

标签： r matrix igraph adjacency-matrix network-analysis

【解决方案1】：

任何可能感兴趣的人的解决方案：

我发现 igraph 可以处理稀疏矩阵。使用 Matrix 包将矩阵转换为稀疏矩阵，如下所示：

sparse_matrix <- as(one_mode_matrix, "sparseMatrix")

然后把它做成这样的图形对象：

g <- graph_from_adjacency(sparse_matrix)

了解 igraph 提供的所有功能。

【讨论】：