如何对来自同一样本的多个文件应用函数并将它们组合起来？答案

【问题标题】：How to apply a function on multiple files from same sample and combine them?如何对来自同一样本的多个文件应用函数并将它们组合起来？
【发布时间】：2021-11-03 08:58:04
【问题描述】：

我在Data 目录中有许多示例文件。大约有 80 个样本。每个样本都有 3 个以样本名称为前缀的不同格式的输出文件。设置如下所示。我在这里只展示了几个示例文件。

Data
 |___ PFRT001_disions.tsv
 |___ PFRT001_predictions.tsv
 |___ PFRT001_tool.beans.results.gz
 |___ PFRT007_disions.tsv
 |___ PFRT007_predictions.tsv
 |___ PFRT007_tool.beans.results.gz
 |___ PFRT009_disions.tsv
 |___ PFRT009_predictions.tsv
 |___ PFRT009_tool.beans.results.gz
 |___ PFRT023_disions.tsv
 |___ PFRT023_predictions.tsv
 |___ PFRT023_tool.beans.results.gz
 |___ PFRT098_disions.tsv
 |___ PFRT098_predictions.tsv
 |___ PFRT098_tool.beans.results.gz

现在，我对每个样本（3 个不同格式的文件）应用一个函数，并用一个名称保存函数的输出。

这里我展示了我如何将函数应用于示例PFRT001

sample1 <- single_sample(disionsfile = file.path("/path/to/directory","Data","PFRT001_disions.tsv"),
  predictionsfile = file.path("/path/to/directory","Data","PFRT001_predictions.tsv"),
  expFile = file.path("/path/to/directory","Data","PFRT001_tool.beans.results.gz"),
  tumorID = "PFRT001",
  Filter = FALSE)

然后我又在样本PFRT007上运行了相同的函数

sample2 <- single_sample(disionsfile = file.path("/path/to/directory","Data","PFRT007_disions.tsv"),
      predictionsfile = file.path("/path/to/directory","Data","PFRT007_predictions.tsv"),
      expFile = file.path("/path/to/directory","Data","PFRT007_tool.beans.results.gz"),
      tumorID = "PFRT007",
      Filter = FALSE)

我在每个样本（3 个文件）上单独应用此函数并将其保存为一个名称，然后将它们组合如下：

All <- do.call("rbind", list(sample1, sample2))

我有 80 个样本，每个样本有 3 个类似上面的文件。如何将上述功能应用于多个样本文件，并以不同的名称保存每个样本的输出？还有rbind 所有的输出？我想在R 做。任何帮助表示赞赏。

【问题讨论】：

标签： r dplyr tidyverse purrr rbind

【解决方案1】：

假设您的函数single_sample 返回一个data.frame，那么map_dfr 是最适合您的函数：

library(stringr)
library(purrr)

file_names <- list.files(path = "/path/to/directory/Data")
unique_names <- unique(str_extract(file_names, ".+?(?=_)"))

all_data <- unique_names %>% 
  map_dfr(~single_sample(
    disionsfile = file.path("/path/to/directory","Data",paste0(.x, "_disions.tsv")),
    predictionsfile = file.path("/path/to/directory","Data", paste0(.x, "P_predictions.tsv")),
    expFile = file.path("/path/to/directory","Data",paste0(.x, "_tool.beans.results.gz")),
    tumorID = .x,
    Filter = FALSE
  ), .id = "sample")

.id = "sample" 添加一个名为sample 的列，其中包含.x 数据来自的信息

【讨论】：

非常感谢。这非常有用。我接受了答案，但无法投票。一旦我获得 15 个声望，我就会投票。顺便说一句，predictionsfile 末尾缺少一个,。