以批处理的形式将 R 脚本提交到网格答案

【问题标题】：submit R script to grid in form of batch以批处理的形式将 R 脚本提交到网格
【发布时间】：2012-03-10 00:15:30
【问题描述】：

我想向网格提交 R 作业。我已将主要 R 代码保存在 MGSA_rand.r 在文件callmgsa.r我写过

print('here')
source('/home/users/pegah/MGSA_rand.r')
mgsalooprand($SGE_TASK_ID,382)

我使用文件Rscript.sh 调用作业（使用-t 参数，我发送对应于$SGE_TASK_ID) 的值

R CMD BATCH --no-save callmgsa.r

我这样提交作业：

qsub -t 1 -cwd -b y -l  vf=1000m /home/users/pegah/Rscript.sh

我既没有得到错误也没有任何输出。作业在我提交时终止，没有任何输出。你能帮帮我吗？
谢谢，佩加

【问题讨论】：

【解决方案1】：

变量$SGE_TASK_ID 是一个shellscript 变量。用相同的语法在 R 中调用它是行不通的。你可以做的是改用Rscript。从您调用的 shellscript 中：

Rscript callmgsa.r $SGE_TASK_ID

在 R 脚本中，您可以捕获如下命令行参数：

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
print('here')
source('/home/users/pegah/MGSA_rand.r')
mgsalooprand(args[1],382)

这应该可以工作...

【讨论】：

感谢您的回答。但是我应该在哪里称呼 R 本身呢？我在 Rscript.sh 中调用了它。
你通过 shellscript 使用 Rscript 调用 R。
... 或在 callmgsa.r 的顶部放置一个 shebang，例如 #!/path_to_R_install/bin/Rscript 并使文件成为可执行文件 chmod +x callmgsa.r。