R批处理模式 - 无法执行脚本答案

【问题标题】：R Batch mode - Can't execute scriptR批处理模式 - 无法执行脚本
【发布时间】：2015-07-15 01:41:43
【问题描述】：

为了以非交互方式运行 R，我决定使用批处理（使用 Windows 7）。我输入的命令提示符（CMD）

cd c:\Program Files\R\R-3.1.3\bin\x64 #set directory
"c:\Program Files\R\R-3.1.3\bin\x64\R.exe" CMD BATCH "c:\Program Files\R\R-3.1.3\bin\myscript.R" "c:\Program Files\R\R-3.1.3\bin\output.out"

输出已生成。我打开了 output.out 文件，可以看到以下错误消息：

> myData1<-read.csv("myData.csv",header=T, sep=";", dec=",")
> temp<-read.csv("Temperature.csv",header=T, sep=";", dec=",")
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
Calls: read.csv -> read.table -> file
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file 'Temperature.csv': No such file or directory
Execution halted

在 myscript.R 文件中，我已经将工作目录设置为文件（myData.csv 和 Temperature.csv）所在的位置。当我在 Rstudio 中执行 myscript.R 的内容时，一切正常。不知何故，这个错误不断出现，我完全一无所知。有什么建议吗？

【问题讨论】：

标签： r csv batch-processing

【解决方案1】：

在您的示例中，您尝试在 cd c:\Program Files\R\R-3.1.3\bin\x64 中查找 csv 文件。

你需要在myData.csv所在的目录下执行R.exe或者更好的Rscript.exe。

R exe 目录是一回事。
R 脚本目录是另一个。 csv 目录是另一个。

使用绝对路径或...
考虑到您的 R 脚本与 csv 文件位于同一目录中，您可以使用以下类型：

CD /path_to_R_script/
path_to_exe/exe script

所以你从你有 csv 文件的目录运行 exe。

在 linux 中它可能看起来像：

cd /my/path && Rscript myscript.R

【讨论】：

你先生应该得到一块饼干。我按照您的建议将目录更改为文件所在的位置。代码的另一部分仍然是正确的。

【解决方案2】：

引用 Michael Lundholm 的 pdf Working with R in batch mode: Some notes for beginners

虽然安装了R，但是windows系统没有找到文件 R.exe。这是因为该文件位于不在 Windows 的默认搜索路径。原因是默认安装脚本的行为是在不同的目录。由用户决定 Windows 的位置应该寻找 R（即使用哪个版本）。

如果出现此错误消息，我们必须更改搜索路径，以便它包括 R.exe 所在目录的路径。我们这样做如下：

打开控制面板，选择“系统”，点击左侧菜单中的“高级系统设置”，然后选择“环境” 变量按钮；请参见图 5。

选择变量“路径”并单击“编辑”按钮。现在我们必须编辑“变量值”，以便它还包含指向安装各种 R 二进制文件（程序）的目录。

通过查找安装 R 的目录，可以在 Windows 资源管理器中找到此文件的路径。请参见图 6。通常路径类似于C:\Program Files\R\R-2.15.1\bin\x64，它应附加到“变量值”中已存在的路径。

请注意，搜索路径中的各个路径用分号分隔，因此我们应该在字符串字符中添加一个初始的“;” 我们附加到“变量值”。结果如图 7.

添加环境变量的路径后，您可以从存储 csv 文件的目录调用 Rscript

Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3

或者你改变路径

 temp <- read.csv("Temperature.csv", header=T, sep=";", dec=",")

在R文件中

 temp <- read.csv("C:/Users/.../Temperature.csv", header=T, sep=";", dec=",")

【讨论】：