带有 Corrplot (R) 的树状图答案

【问题标题】：Dendrogram with Corrplot (R)带有 Corrplot (R) 的树状图
【发布时间】：2017-03-06 19:26:46
【问题描述】：

有没有人有办法用树状图装饰 R corrplot 相关图？

【问题讨论】：

我很难过没有看到任何答案
...2 年后，仍然悲伤:(
@Sosi - 如果它让你振作起来，我已经添加了一个答案。

标签： r dendrogram dendextend r-corrplot heatmaply

【解决方案1】：

我所知道的最接近的解决方案是在相关矩阵上使用热图，例如，您也可以使用 gplots::heatmap.2。

这里是使用 heatmaply R 包的方法，它还提供了一个交互式界面，您可以在其中放大并在将鼠标悬停在单元格上时获取工具提示：

# for the first time:
# install.packages("heatmaply")

library(heatmaply)
my_cor <- cor(mtcars)
heatmaply_cor(my_cor)

这是它的外观：

您可以在this vignette 中了解有关热图的更多信息。

【讨论】：

【解决方案2】：

heatmaply 实际上自 2017 年 12 月左右就开始使用此功能！请参阅下面的示例，取自即将发布的 v1.0 小插图：

library("heatmaply")
r <- cor(mtcars)
## We use rcorr to calculate a matrix of p-values from correlation tests
library("Hmisc")
mtcars.rcorr <- rcorr(as.matrix(mtcars))
p <- mtcars.rcorr$P

heatmaply_cor(
  r,
  node_type = "scatter",
  point_size_mat = -log10(p), 
  point_size_name = "-log10(p-value)",
  label_names = c("x", "y", "Correlation")
)

【讨论】：