R hclust -> 树状图 -> phylo？答案

【问题标题】：R hclust -> dendrogram -> phylo?R hclust -> 树状图 -> phylo？
【发布时间】：2015-11-05 12:17:31
【问题描述】：

我有具有数百个节点和长标签的 hclust 分层集群对象。例如，一个家族中多个基因的同义词。见下文。

我想将 hclust 切割成更小的子树，然后用灵活的样式将它们可视化。在http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html 之后，我看到了如何切割树状图 和漂亮地绘制猿系统发育树。

我只是没有看到任何将切割的树状图转换为 phylo 对象的方法。

> as.phylo(as.dendrogram(hc))
Error in UseMethod("as.phylo") : 
  no applicable method for 'as.phylo' applied to an object of class "dendrogram"

我对任何可以渲染圆形或垂直方向的子树的方法持开放态度。

事实上，我的目标是直观地检测基因同义词中的模式，以便我可以为它们编写类似mustache 的模板，因此我什至愿意接受不涉及树状图的解决方案。有一些关于纯文本的多个序列比对的 SO 帖子，但它们让我有点过头了。

> receptor.synonyms
                                 synonym
1                alpha1B-adrenergic receptor
2                                       B1AR
3              adrenergic receptor, alpha 2a
4                                  beta 3-AR
5                                 alpha-2AAR
6                                  alpha2-C4
7                                     Adrb-1
8                                       Badm
9                                  beta 1-AR
10    Adrenergic, alpha2C-, receptor class I
11                     alpha-1D adrenoceptor
12                                 beta 2-AR    
13                       adrenergic receptor
14              alpha-2A-adrenergic receptor
15  Adrenergic, alpha2B-, receptor class III
16            adrenergic, alpha 1B, receptor
17                    &alpha;<sub>2</sub>-C2
18           adrenergic, alpha-1A-, receptor
19                                   ADRARL1
20                     alpha-1B adrenoceptor
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【问题讨论】：

你如何从receptor.synonyms 到hc？
d
你不需要使用 as.dendrogram，你可以运行as.phylo(hc)，它应该可以正常工作
@jeremycg，对不起，我想我不清楚我是否会将 hc 转换为树状图以便我可以剪切它。所以我会：the.dend <- as.dendrogram(hc) 然后我想：plot(as.phylo(cut(the.dend, h = 45)$lower[[2]]))
从树状图回到其他任何东西看起来并不容易，一些软件包说它们可以但会出错。除非其他人回答，否则我建议使用 as.phylo 并从那里放下 - 请参阅 ape::drop.tip()

标签： r bioinformatics hierarchical-clustering dendrogram dendextend

【解决方案1】：

自从您链接到的帖子发布以来，已经在使用 dendextend R package 通过 dendrogram 对象处理 hclust 输出方面做了大量工作。例如，您可以使用“修剪”功能删除标签、在树状图上使用“cutree”、为树枝着色以及做许多其他事情。

您可以从帖子/期刊文章中了解有关该软件包的更多信息：dendextend: a package for visualizing, adjusting, and comparing dendrograms (based on a paper from “bioinformatics”)

要查看更高级的内容（如圆形图等），您可以查看包的小插图：Introduction to dendextend。

【讨论】：