重塑相关矩阵以按列对堆叠答案

【问题标题】：Reshape correlation matrix to be stacked by column pairs重塑相关矩阵以按列对堆叠
【发布时间】：2014-03-02 03:50:46
【问题描述】：

在 R 中，我使用 cov2cor() 来计算相关矩阵，例如：

  A,B,C,...
A 1,0.5,0.2,...
B 0.5,1,0.4,...
C 0.2,0.4,1,...
...

如何重塑矩阵，使列堆叠成行，如：

X,Y,Correlation
A,B,0.5,
A,C,0.2,
...
B,C,0.4,
...

提醒A,As 被排除在外，A,B B,A 被视为重复，因此被排除在外。

有没有简单的方法来实现这个？

【问题讨论】：

不确定如何接受您的编辑建议，所以手动更新了我的答案。

标签： r matrix reshape

【解决方案1】：

你需要的功能是：

lower.tri {base} ：这将允许您获取相关矩阵并将上/下三角形设置为 NAs 以及排除对角线。这将处理重复的 corr 值，即仅保留其中一个。 cor(A,C)=cor(C,A)

melt{reshape2}：这将采用下/上三角形并将其融合成一个只有三列的表格。第三列将具有 col1 和 col2 中的变量之间的相关性。

is.na{Matrix}：使用它来删除第三列为NA的行。

更新：@KunRen 建议将na.omit{base} 作为is.na 的更好替代品，我同意。

示例解决方案如下所示：

system.time(correlations<-cor(mydata,use="pairwise.complete.obs"))#get correlation matrix
upperTriangle<-upper.tri(correlations, diag=F) #turn into a upper triangle
correlations.upperTriangle<-correlations #take a copy of the original cor-mat
correlations.upperTriangle[!upperTriangle]<-NA#set everything not in upper triangle o NA
correlations_melted<-na.omit(melt(correlations.upperTriangle, value.name ="correlationCoef")) #use melt to reshape the matrix into triplets, na.omit to get rid of the NA rows
colnames(correlations_melted)<-c("X1", "X2", "correlation")

【讨论】：