在 MacOS 上安装 ROracle（和 Oracle Instant Client？）答案

【问题标题】：Installing ROracle (and the Oracle Instant Client?) on MacOS在 MacOS 上安装 ROracle（和 Oracle Instant Client？）
【发布时间】：2018-05-29 00:18:14
【问题描述】：

我正在尝试安装 ROracle。由于 ROracle 需要 Oracle OCI 库，我从 Oracle 网站下载了这些文件：instantclient-basic-macos.x64-12.2.0.1.0、instantclient-sdk-macos.x64-12.2.0.1.0.zip。我将这些文件放入 ~/Library/Caches/Homebrew 并使用 homebrew 安装它们。

brew install instantclient-basic
brew install instantclient-sdk

Oracle网站也提到需要设置一些环境变量，所以我把这个放在我的.bashrc文件中：

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/Cellar/instantclient-basiclite/12.2.0.1.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export DYLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/Cellar/instantclient-basiclite/12.2.0.1.0/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH
export NLS_LANG=UTF8

但是尝试在 R 中安装 ROracle 会导致：

> install.packages("ROracle")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/ROracle_1.3-1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 308252 bytes (301 KB)
==================================================
downloaded 301 KB

Warning in strptime(xx, f <- "%Y-%m-%d %H:%M:%OS", tz = tz) :
unknown timezone 'zone/tz/2017c.1.0/zoneinfo/America/Los_Angeles'
* installing *source* package ‘ROracle’ ...
** package ‘ROracle’ successfully unpacked and MD5 sums checked
configure: error: OCI libraries not found
ERROR: configuration failed for package ‘ROracle’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library/ROracle’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘ROracle’ had non-zero exit status

R 说它找不到 OCI 库。到目前为止，Oracle 的文档已被证明在解决此问题方面不存在或毫无价值，但我找到了 comment on the internet that seemed promising。所以我把它写到我的 .bashrc 中并运行它：

R CMD INSTALL --configure-args='--with-oci-lib=/usr/local/Cellar/instantclient-basic/12.2.0.1.0/lib --with-oci-inc=/usr/local/Cellar/instantclient-sdk/12.2.0.1.0/lib/sdk/include' ROracle_1.3-1.tar.gz

有了这个结果：

installing to /usr/local/lib/R/3.4/site-library/ROracle/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
Error: package or namespace load failed for ‘ROracle’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
****unable to load shared object '/usr/local/lib/R/3.4/site-
library/ROracle/libs/ROracle.so':
    dlopen(/usr/local/lib/R/3.4/site-library/ROracle/libs/ROracle.so, 6): Symbol 
    not found: _ons_recvthread_clone_sb
  Referenced from: /usr/local/Cellar/instantclient-basic/12.2.0.1.0/lib/libons.dylib
  Expected in: flat namespace
 in /usr/local/Cellar/instantclient-basic/12.2.0.1.0/lib/libons.dylib
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library/ROracle’

所以 libons.dylib 有问题吗？我应该如何处理这些信息？

【问题讨论】：

我通常会跟随软件包附带的installation instructions，这意味着我倾向于将基本和sdk软件包放在同一目录中，我符号链接libclntsh.dylib.12.1并仅使用oci-lib进行编译选项。
我尝试重新安装所有内容，但现在出现错误，与上次非常相似，但显示以下消息：无法加载共享对象'/usr/local/lib/R/3.4/site -library/ROracle/libs/ROracle.so'：dlopen（/usr/local/lib/R/3.4/site-library/ROracle/libs/ROracle.so, 6）：库未加载：@rpath/libclntsh.dylib .12.1 引用自：/usr/local/lib/R/3.4/site-library/ROracle/libs/ROracle.so 原因：找不到图像
您是否对那个文件进行了符号链接？看起来问题出在那儿。我从来没有（成功地）使用通过自制软件安装的即时客户端库安装 ROracle，我总是自己下载它们并自己手动解压缩它们。除此之外，我可能没有太多帮助。但我真的，真的同情。我以前经历过很多次。
我确实按照说明创建了一个符号链接，尽管我使用的是即时客户端版本 12.2 而不是 12.1。我可能会尝试 12.1 看看它是否有效
似乎是 community.oracle.com/thread/4092751 的副本，正在调查那里指出的 Oracle 错误。

标签： r oracle roracle

【解决方案1】：

适用于 macOS 的 Instant Client 12.2 已修补。从http://www.oracle.com/technetwork/topics/intel-macsoft-096467.html 获取并解压缩，例如到~/instantclient_12_2

我能够在 macOS 上安装 ROracle：

brew install R

更新库中的 rpath（使用正确的 R 版本号）：

install_name_tool -add_rpath ~/instantclient_12_2 /usr/local/Cellar/r/3.4.3/lib/R/bin/exec/R

运行“R”，然后：

install.packages("DBI")

从https://cran.r-project.org/web/packages/ROracle/index.html下载ROracle_1.3-1.tar.gz并安装：

R CMD INSTALL --configure-args='--with-oci-lib=/Users/cjones/instantclient_12_2  --with-oci-inc=/Users/cjones/instantclient_12_2/sdk/include' ROracle_1.3-1.tar.gz

【讨论】：

我大约一个月前搁置了这个项目，但今天我终于使用本指南让 ROracle 在我的 mac 上工作。谢谢克里斯托弗！
我尝试了您的解决方案，但我会得到：错误：dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 中的 'ROracle' 的包或命名空间加载失败：无法加载共享对象' /usr/local/lib/R/3.5/site-library/ROracle/libs/ROracle.so': dlopen(/usr/local/lib/R/3.5/site-library/ROracle/libs/ROracle.so, 6 )：找不到符号：_OCIArrayDescriptorAlloc 引用自：/usr/local/lib/R/3.5/site-library/ROracle/libs/ROracle.so 预期在：/usr/local/lib/R/3.5/site 中的平面命名空间-library/ROracle/libs/ROracle.so 错误：加载失败 Esecuzione interrotta 错误：加载失败

【解决方案2】：

没有-add_rpath 的解决方案可以在Intall ROracle Package for Windows and Mac OS 上找到

我使用 Macports 的 R 并且确实做到了：

cd /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib
sudo ln -s ~/Applications/instantclient/libclntsh.dylib.12.1
sudo ln -s ~/Applications/instantclient/libclntshcore.dylib.12.1
sudo ln -s libclntsh.dylib.12.1 libclntsh.dylib
sudo ln -s libclntshcore.dylib.12.1 libclntshcore.dylib

我认为每次升级到 R 后只有指向 libclntsh.dylib.12.1' is needed. But it does not harm to create the others as well. This way you do not need to runinstall_name_tool` 的链接。

创建链接后，我可以使用 R CMD INSTALL 安装 ROracle

【讨论】：