当我将 knitr 和 Rscript 与 opts_chunk 一起使用时，执行停止答案

【问题标题】：Execution halted when I use knitr and Rscript with opts_chunk当我将 knitr 和 Rscript 与 opts_chunk 一起使用时，执行停止
【发布时间】：2013-03-16 10:36:48
【问题描述】：

我在 Mac OS 中编写了一个 bash 脚本，该脚本获取了我的 .rnw 文件，将其编成一个 .pdf。为了编织我的文件，我使用命令

Rscript -e "library(knitr); knit('file.rnw', encoding='utf8')"

一切正常。但是，我不想在我的最终文档中出现 ## 字符。我使用 R 提示符测试了以下命令

library(knitr)
opts_chunk$set(comment=NA)
knit('file.rnw', encoding='utf8')

他们给了我我想要的东西：R 命令输出中没有 cmets 的文档。但是如果我尝试运行

Rscript -e "library(knitr); opts_chunk$set(comment=NA); knit('livro.rnw', encoding='utf8')"

我明白了

Error: could not find function "opts_chunk"
Execution halted

结果。我究竟做错了什么？如何使用命令行在 knitr 中请求我的块的选项？

【问题讨论】：

cross-posted in R-help 并在那里回答；希望有人能把答案移到这里。
您可以改为将以下内容放入您的 RMD 文件中，例如... knitr::opts_chunk$set(echo=TRUE) 在 r chunk 中。

标签： r bash knitr rscript

【解决方案1】：

我不知道易辉说“把答案移到这里”是什么意思，但这里是邓肯默多克的 R-help 答案，易辉认可：

这看起来像一个 bash 问题：它似乎将 $set 替换为一个空白字符串。使用适当的引用或转义来告诉它不要去做。（我认为在命令周围使用单引号会起作用；您需要在其中添加双引号。）

还有一辉补充道：

是的，我相信这就是问题所在。同样的问题在这里问： https://github.com/yihui/knitr/issues/162#issuecomment-9017997

【讨论】：

我只是懒得复制粘贴 :)