【问题标题】：Knitr pandoc Execution halted in RKnitr pandoc 执行在 R 中停止
【发布时间】：2014-11-12 12:19:47
【问题描述】：

Knitr / Rmarkdown 执行停止

当我运行 Knitr 和 Rmarkdown 时，即使使用 knitr 示例脚本，我也会收到以下错误消息。

Error in system(paste(shQuote(pandoc_path), "--version"), intern = TRUE) : '"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc"' not found Calls: <Anonymous> ... get_pandoc_version -> with_pandoc_safe_environment -> force -> system Execution halted

我已经从库中安装并加载了 knitr 和 rmarkdown，或者使用开发工具从 github 获取最新版本。

因为它以前可以工作并且我没有更改任何设置，我想知道这是否可能是由于新的 R 版本以及是否导致了这种情况？

我已经尝试上传 pandoc 到它在错误中请求的特定位置，但在线指导很难遵循所以没有移动到文件夹中，以防万一它变得最糟糕，因为它是在我对为什么这是一个错误感到困惑之前不需要？

不知道还有什么可以尝试的，我已经用谷歌搜索、stackflowed 并探索了 knitr 和 pandoc 网页以寻找任何线索，但没有成功。

如果有人知道如何尽快解决这个问题，我将不胜感激！

【问题讨论】：

你运行的是什么版本的 RStudio？您可能正在运行未捆绑 Pandoc 的旧版本——我相信更新/重新安装 RStudio 应该可以解决此问题。

标签： r rstudio knitr pandoc r-markdown

【解决方案1】：

我知道这是一个非常古老的问题，但我遇到了完全相同的问题，昨天编织 Rmd 文件工作得很好，今天停止工作，并出现上述相同的错误消息。甚至编织默认的 Rmd 起始文档也失败了。

可能是我们的 IS 人员应用了一个 Windows 补丁，这可能破坏了某些东西，因为我根本没有更改我的设置。

执行 Sys.which('pandoc') 表明它正在寻找错误的位置（用户特定的位置）。

更新 RStudio 没有帮助。将以下内容添加到我的 Rmd 文件中也不起作用：

Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC="PATH_TO_MY_PANDOC_BIN")

最终奏效的是 Ivo Fugers 回应的一部分：

install.packages('installr')
install.pandoc()

（我没有密切注意，但认为我允许它卸载另一个版本的 pandoc。）系统重新启动后，编织再次工作。

希望这对未来的人们有所帮助，因为这似乎是一个偶尔会再次出现的问题。

【讨论】：

【解决方案2】：

我在统计计算课上遇到了类似的问题。一个适用于我的一些同学（包括我自己）的解决方案是安装几个版本的 MikTex（大约需要一个小时）。否则，这是我们老师给我们的解决方案：

因此，当您最终遇到 pandoc 错误，或者当您的 Latex 方程式未出现在“标记”中时，这是一种可能的策略：

第一步

在您的 R 控制台中手动重新安装 pandoc：

安装/加载包：

if(!require(installr)) { install.packages("installr"); require(installr)} #load / install+load 安装程序

安装 pandoc

install.pandoc()

第 2 步

从http://www.tug.org/protext/ 下载自解压protext.exe 文件。使用默认设置从此 .exe 文件安装 MikTex...

2a。确保您允许 Protext 在未经许可的情况下即时安装软件包。

第 3 步

查看 https://tex.stackexchange.com/questions/81739/the-memory-dump-file-could-not-be-found ，而不是解决方案。修改所有用户的权限

C:\Users\YourUsername\AppData\Local\Temp

和

C:\Program Files\MikTex 2.9\

完全控制。

如何做到这一点？转到 C:\Users\YourUsername\AppData\Local ，然后右键单击文件夹 Temp。转到属性 --> 安全性...并确保那里列出的所有用户（甚至是受信任的安装）都将拥有完全控制权限。

【讨论】：

【解决方案3】：

我昨天遇到了完全相同的问题并感到震惊，因为直到前天一切正常。我正在用 R markdown 完成我的项目，它开始抛出错误。

在没有太多帮助的情况下，我刚刚将我的 RStudio 升级到了最新版本 (0.98.1091)。花了不到 10 分钟，一切都开始正常工作。我相信这种突然的阻塞是由于 Windows 补丁更新造成的，但不是 100% 肯定。

【讨论】：

【解决方案4】：

将文件名“C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc”更改为 "C:/ProgramFiles/RStudio/bin/pandoc/pandoc" 或者别的什么。

文件地址中不允许有空格（如 Program Files）。

【讨论】：