Rscript 和包：如何以及何时确定加载哪些包？答案

【问题标题】：Rscript and Packages: How and when to determine what packages are loaded?Rscript 和包：如何以及何时确定加载哪些包？
【发布时间】：2015-06-20 00:33:55
【问题描述】：

我想使用Rscript 执行脚本file.R。在file.R，我使用包dplyr。

# file.R
df <- data.frame(ID,x,y,z,...)
library(dplyr)
filter(df, ID != "null")
......

如果我没有在批处理文件中指定任何选项，则一切正常，因为 file.R 包括行 library(dplyr)

# 1) no specification of packages in the batch file  
Rscript.exe file.R arg1 arg2 arg3 > outputFile.Rout 2>&1

但是，如果我在批处理文件中添加default-packages=utils，

# 2) specification of packages utils in the batch file
Rscript.exe  default-packages=utils file.R arg1 arg2 arg3 > outputFile.Rout 2>&1

使用dplyr的file.R部分不再起作用（Error in filter(df, ID != 'null') : Object 'ID' could not be found）

因为?Rscript 说

--default-packages=list
where list is a comma-separated list of package names or NULL

我尝试添加--default-packages=utils,dplyr，

# 3) specification of packages utils and dplyr in the batch file
Rscript.exe  default-packages=utils,dplyr file.R arg1 arg2 arg3 > outputFile.Rout 2>&1

导致与2中相同的错误

为什么批处理文件1 是唯一有效的？我在所有 3 个备选方案中都调用了相同的 R 脚本。

【问题讨论】：

您是否觉得有必要在命令行中指定软件包，而不是仅仅将各自的 library 放在脚本的开头？
问题是，将library 放在脚本的开头不是解决方案，这就是我发帖的原因。在所有 3 个备选方案中，我调用了相同的脚本 file.R，它在开始时包含库命令。
我以为您说选项 1 在您未指定任何选项的情况下有效？我误解你的说法了吗？你的问题不是很清楚。
编辑后是否更清晰了？如果没有，你能具体说明什么不清楚吗？无论如何感谢您的反馈。
@Dason 不，我以前试过。我还读到过去链接运算符和 Rscript 存在问题，但即使删除链接运算符也无法正常工作。

标签： r batch-file rscript

【解决方案1】：

--default-packages 参数指定您要默认加载的包。它不会添加到默认包列表中 - 它会替换列表。这意味着您还需要指定您所依赖的所有其他基本包。你可以通过制作一个调用sessionInfo()的简单测试脚本来看到这一点

在文件“env.R”中：

sessionInfo()

从终端呼叫：Rscript env.R

R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base

现在我修改那个调用：Rscript --default-packages=utils env.R

R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] utils base

所以你确实需要指定其他缺少的包。

RScript --default-packages=stats,graphics,grDevices,utils,datasets,base,methods env.R

我也把方法扔进去了。

话虽如此，如果您在使用 RScript 运行它时没有任何问题，我不明白您为什么要尝试弄乱 default-packages 参数。似乎您只是在为自己制造问题，除非您尝试解决其他未告诉我们的问题。

【讨论】：

它只会产生问题，因为正如@Dason 所说，您以错误的方式使用它。 “默认包”与“这些默认包加上我需要的一些”不一样。

【解决方案2】：

为了完整起见并说明我的评论，Charles 的示例在一行中使用littler 对我有效。我在这里换行只是为了展示：

edd@max:~$ r -ldplyr -e'iris %>% \
                        group_by(Species) %>% \         
                        summarise(mean(Sepal.Length)) %>% \
                        print'
Source: local data frame [3 x 2]

     Species mean(Sepal.Length)
1     setosa              5.006
2 versicolor              5.936
3  virginica              6.588
edd@max:~$

正如我所说，这确实是一行（一个区别是r 想要明确地print）。

但是如你所见，datasets 包也被r 自动加载。

【讨论】：

【解决方案3】：

你能试试下面的测试吗？我不能把这个放在 cmets 里。这在我的系统上运行良好。

测试.R

library(dplyr)

data(iris)

iris %>%
group_by(Species) %>%
summarise(mean(Sepal.Length))

在您的终端中：

Rscript --default-packages=utils,datasets,dplyr test.R

【讨论】：

@rmuc8，那是正确的。您需要datasets 包来访问iris 数据集。