如何查看 R 脚本中正在使用哪些包，以及当前未使用哪些包？

Question

我正在继承一些代码，我认为还有空间进行整理，包括整理包游戏。

特别是，我想查看已加载的包用于什么，以及（最重要的是）是否有任何已加载但未使用的包。

代码很长，包也很多，所以我肯定更喜欢自动化这个过程。

举个小例子，如果我有：

packageload <- c("ggplot2", "readxl")
lapply(packageload, library, character.only = TRUE)

ggplot(diamonds, aes(x = cut)) +
  geom_bar()

我想要一些输出告诉我 ggplot() 是从 ggplot2 使用的（因此被用作包），并且 readxl 目前没有在项目代码中使用。

Answer 1

我一直在寻找一个明确的答案，最后，在@eh21 here 指出的有用函数的基础上，我用 3 行代码构建了这个符合意图并且可以复制的小方法任何人（我的意思是像我这样没有经验的程序）都毫不费力地处理他们的案件。

原理是在包被加载之后，在实际项目代码之前（即不需要运行它来获得所需的信息）使用这种方法，如下所示：

# Load packages ----

packageload <- c("ggplot2", "readxl")
lapply(packageload, library, character.only = TRUE)


# Find which packages do used functions belong to ----

used.functions <- NCmisc::list.functions.in.file(filename = "thisfile.R", alphabetic = FALSE) |> print()


# Find which loaded packages are not used ----

used.packages <- used.functions |> names() |> grep(pattern = "packages:", value = TRUE) |> gsub(pattern = "package:", replacement = "") |> print()

unused.packages <- packageload[!(packageload %in% used.packages)] |> print()


# Actual project code (no need to be run) ----

ggplot(diamonds, aes(x = cut)) +
  geom_bar()

相关的输出是：

> used.packages
[1] "base"    "ggplot2"

> used.functions
$`character(0)`
[1] "list.functions.in.file"

$`package:base`
[1] "c"      "lapply" "print"  "names"  "grep"   "gsub"   

$`package:ggplot2`
[1] "ggplot"   "aes"      "geom_bar"

> unused.packages
[1] "readxl"

注意事项：

• 这需要install.packages("NCmisc")，但是我没有加载那个包（而是使用::）以保持一致性，因为它不应该出现在used.packages中；
• 如果使用 RStudio 并希望将其应用于多个脚本，使用 rstudioapi::getSourceEditorContext()$path 代替 NCmisc::list.functions.in.file 中的 "thisfile.R" 会很方便。
• 上述方法适用于在命名对象上使用lapply() 以加载包的情况。如果在不使用命名对象的情况下加载包（例如，使用一系列 library() 或 require()），则 #Load packages ---- 部分上面的代码可以修改如下：

# Load packages ----

packageload <- search()

library(ggplot2)
library(readxl)

packageload <- search()[!(search() %in% packageload)] |> grep(pattern = "package:", value = TRUE) |> gsub(pattern = "package:", replacement = "")