【问题标题】:LMERConvenienceFunctions error on back and forward fitting functions: model not a mer object后向和前向拟合函数的 LMERConvenienceFunctions 错误:模型不是 mer 对象
【发布时间】:2013-09-18 11:03:25
【问题描述】:

我尝试使用 LMERConvenienceFunctions 包中的 bfFixefLMER_t.fncfitLMER.fnc。在这两种情况下,我都会收到“输入模型不是 mer 对象”的错误。

我尝试了http://artax.karlin.mff.cuni.cz/r-help/library/LMERConvenienceFunctions/html/00Index.html 中的示例。我得到了同样的错误。

例如当我从示例中运行时

fitLMER.fnc(mB, backfit.on = "t", item = FALSE, 
    ran.effects = c("(FreqB | Subject)",
    "(LengthB | Subject)", "(WMC | Item)"))

这是我得到的结果。

Warning in fitLMER.fnc(mB, backfit.on = "t", item = FALSE, ran.effects = c("(FreqB | Subject)",  :resetting argument "method" to "t"

**backfitting fixed effects**

Warning in bfFixefLMER_t.fnc(model = model, item = item, method = method,  :factor variable with more than two levels in model terms, backfitting on t-values is not appropriate, please use function "bfFixefLMER_F.fnc" instead.

Error in bfFixefLMER_t.fnc(model = model, item = item, method = method,  : the input model is not a mer object

有人对这些功能有过这种经验吗?

有些函数可以反向拟合固定效应和向前拟合随机效应。 有没有办法对glmer 模型进行固定效果的前向拟合?还是这在统计上毫无意义?我在做生态建模,所以我对高级统计的理解并不多,所以,如果有人可以更好地通俗地解释一下

sessionInfo()

R 版本 3.0.1 (2013-05-16) 平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)

语言环境: [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_GB.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
[7] LC_PAPER=C LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

附加的基础包: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

其他附加包: [1] LMERConvenienceFunctions_2.0 lme4_0.99999911-8
[3] RcppEigen_0.3.1.2.1 Rcpp_0.10.4
[5] Matrix_1.0-12 lattice_0.20-23
[7] LCFdata_1.0

通过命名空间加载(未附加): [1] grid_3.0.1 MASS_7.3-28 minqa_1.2.1 nlme_3.1-111 rpart_4.1-2
[6] 样条线_3.0.1 工具_3.0.1

【问题讨论】:

  • 您是否已将 lme4 更新到即将发布的最新版本 (>1.0?) 它可能已损坏 LMERConvenienceFunction。我认为这将是一个编程问题,而不是统计问题。 sessionInfo()好吗?
  • 我没有尚未发布的 lme4 版本。这个问题在SO中更合适吗?如果可以,我可以自己移动还是需要版主才能移动?
  • 我添加了 sessionInfo() 和运行示例时收到的完整警告/错误信息。可能会在可能发生冲突的情况下说明更多内容。

标签: r lme4


【解决方案1】:

您正在使用经过大修的lme4 包的(旧)版本,它返回merMod 对象而不是mer 对象,因此与LMERConvenienceFunctions 不兼容。使用即将发布的 1.0-4 版本时,我遇到了同样的错误。

如果我从 CRAN 安装最新版本 (0.999999-2),则不会出现错误。我建议删除您当前的 lme4 并从 CRAN 安装最新版本,并检查其版本:

> detach("package:lme4",unload=TRUE)
> remove.packages("lme4")
> install.packages("lme4")
> packageVersion("lme4")
[1] ‘0.999999.2’

这应该可以解决您的问题。但是请注意,您将丢失advantages of the new version

此外,在接下来的几天里,新的lme4 应该会出现在 CRAN 上,如果你更新你的包,LMERConvenienceFunctions 会再次中断。不过,我猜LMERConvenienceFunctions 的作者很快就会更新他们的包以再次兼容。

【讨论】:

  • 谢谢。有用。我通常会更新我的包裹。这个一定是滑倒了。注意到 lme4 中关于使用$@ 提取摘要结果的更多变化。
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