在 Heroku 上将 matplotlib 和 rpy2 与多构建包一起使用答案

【问题标题】：Using both matplotlib and rpy2 with multi-buildpacks on Heroku在 Heroku 上将 matplotlib 和 rpy2 与多构建包一起使用
【发布时间】：2014-03-16 23:15:29
【问题描述】：

我正在尝试通过这两个构建包在 Heroku 上使用多构建包设置：

https://github.com/virtualstaticvoid/heroku-buildpack-r.git
https://github.com/dbrgn/heroku-buildpack-python-sklearn/

我正在使用 rpy2 从 python 调用 R。 I detailed the full process I used to get the slug to compile here.

它适用于带有 rpy2 的 numpy、scipy 和 scikit-learn。但是，我也试图让 matplotlib 使用这个设置，但我遇到了一个错误。

按照this StackOverflow post 的建议，我使用了 matplotlib==1.1.0。

但是，当我设置了 LD_LIBRARY_PATH 以便 rpy2 可以正常工作时，如下所示：

LD_LIBRARY_PATH=/app/vendor/R/lib64/R/modules:/app/vendor/R/lib64/R/lib:/app/vendor/gcc-4.3/lib64

我收到此错误：

>>> from matplotlib import ft2font
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: /app/vendor/R/lib64/R/lib/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found (required by /app/.heroku/python/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/ft2font.so)

如果我删除 LD_LIBRARY_PATH 设置，那么 matplotlib 可以工作，但 rpy2 找不到位于 /app/vendor/R/lib64/R/lib 中的 R 库。出于某种原因，更改 LD_LIBRARY_PATH 中目录的顺序似乎没有效果。

所以我可以让 matplotlib 或 rpy2 工作，但不能同时工作。

我在这些位置有图书馆：

~ $ find . -name "*libstd*"   
/app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib64/libstdc++.so.6.0.10
/app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib64/libstdc++.so.6
/app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib64/libstdc++.so
/app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib64/libstdc++.a
/app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib64/libstdc++.la
/app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib/libstdc++.so.6.0.10
/app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib/libstdc++.so.6
/app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib/libstdc++.so
/app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib/libstdc++.a
/app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib/libstdc++.la
/app/vendor/R/lib64/R/lib/libstdc++.so.6.0.10
/app/vendor/R/lib64/R/lib/libstdc++.so.6
/app/vendor/R/lib64/R/lib/libstdc++.so
/app/vendor/R/lib64/R/lib/libstdc++.a
/app/vendor/R/lib64/R/lib/libstdc++.la

我怀疑 matplotlib 应该使用 /app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib64/libstdc++.so.6 （我怎么知道？），但我似乎无法让它使用它一个。

有什么建议吗？我完全被困住了。我必须说多 buildpack 过程对于这种事情非常混乱。

【问题讨论】：

标签： python r heroku matplotlib rpy2

【解决方案1】：

好的，我想通了。事实证明，正确的库毕竟不在 /app/vendor/gcc-4.3/gcc-4.3/lib64/ 中，而只是在 /usr/lib 中。这就解释了为什么更改 LD_LIBRARY_PATH 中目录的顺序没有效果，因为它不在其中任何一个中。

必须有一些逻辑在 LD_LIBRARY_PATH 的目录中查找，但在那里找不到匹配项，然后在 /usr/lib 中查找。这就是为什么它有时会起作用。 /app/vendor/R/lib64/R/lib/ 中的文件必须足够接近才能被视为匹配（因此它没有在 /usr/lib 中查找），但格式错误，因此导致稍后错误。

解决方法是在 LD_LIBRARY_PATH 中包含 /usr/lib。我也添加了 /usr/local/lib ，这是一个很好的衡量标准。您现在应该使用：

heroku config:set LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib:/usr/local/lib:/app/vendor/R/lib64/R/modules:/app/vendor/R/lib64/R/lib:/app/vendor/gcc-4.3/lib64

【讨论】：