在 python notebook 中使用 R 函数来可视化丢失的数据

Question

naniar 是用于可视化缺失数据的通用 R 包。我正在尝试使用rpy2 在naniar 中调用R 函数vis_miss() 来绘制丢失的数据。

Python 给了我一个数据框作为输出，而不是我笔记本中的一个绘图，我想解决这个问题。这个想法是在 python 笔记本中使用vis_miss 包。

以下是使用iris 数据集的工作示例：

# install rpy2 to run R in python
!pip3 install rpy2

%load_ext rpy2.ipython


from sklearn.datasets import load_iris

%R install.packages("naniar")
%R library(naniar)
%R library(ggplot2)


# Load Iris data
iris = load_iris()


# Run vis_miss function, expecting to see a graph showing missing data
%R naniar::vis_miss(iris)

我的输出现在应该是丢失数据的图像，但我得到了：

ListVector with 10 elements.
data    R/rpy2 DataFrame (750 x 4)
rows    variable    valueType   value
... ... ... ...
layers  ListVector with 1 elements.
[no name]   [RTYPES.ENVSXP]
scales  add: function clone: function find: function get_scales: function has_scale: function input: function n: function non_position_scales: function scales: list super:
... ...
plot_env    
labels  ListVector with 4 elements.
x   [RTYPES.STRSXP]
y   [RTYPES.STRSXP]
text    [RTYPES.STRSXP]
fill    [RTYPES.STRSXP]
guides  ListVector with 1 elements.
fill    [RTYPES.VECSXP]

如何在此 python 笔记本的单元格中获得在 R 中出现的所需输出？

我可以在这里使用matplotlib 或ggplot2 吗？

Answer 1

使用单元格魔法 (%%R) 将输出作为图像获取：

%%R
naniar::vis_miss(iris)

单元格魔法还允许自定义宽度/高度/dpi 和格式，请参阅：IPython magic integration。