Flask 应用程序中的 Rpy2：致命错误：无法初始化 JIT答案

【问题标题】：Rpy2 in a Flask App: Fatal error: unable to initialize the JITFlask 应用程序中的 Rpy2：致命错误：无法初始化 JIT
【发布时间】：2020-11-05 18:49:30
【问题描述】：

我有一个 Flask 应用程序，我正在尝试添加一个 RESTful 端点，该端点使用 rpy2 从.rds 文件加载模型。当我使用包含import rpy2.robjects as objects 的python3 testscript.py 运行我的测试脚本时，它工作正常。但是，当我在我的烧瓶应用程序的文件中尝试相同的导入并使用 FLASK_ENV=development flask run 运行它时，我收到以下错误：

Fatal error: unable to initialize the JIT

我认为这与 Flask 配置和查找 R 有关，以前有人见过吗？

【问题讨论】：

这通常用 rpy2-3.4.2 修复。

标签： python r flask rpy2

【解决方案1】：

在 Web 服务器/服务中使用 Python 时，通常默认使用多线程。

检查文档中的相关部分： https://rpy2.github.io/doc/v3.3.x/html/rinterface.html#multithreading

【讨论】：

【解决方案2】：

原帖是正确的。该修复似乎是一个外部修复，例如设置一个不支持多线程的独立服务——例如使用 Redis 服务器。

这是我的输出，带有 rpy2 3.3.5 python 3.6.8 dash 1.15.0 flask 1.1.2

[Fri Aug 28 01:51:41.665103 2020] [wsgi:error] [pid 4707] [client 10.93.203.56:53374] Truncated or oversized response headers received from daemon process 'flask_app': /var/www/html/flask_app.wsgi
[Fri Aug 28 01:58:08.393491 2020] [mpm_prefork:notice] [pid 4702] AH00170: caught SIGWINCH, shutting down gracefully
[Fri Aug 28 01:58:09.523054 2020] [core:notice] [pid 4754] SELinux policy enabled; httpd running as context system_u:system_r:httpd_t:s0
[Fri Aug 28 01:58:09.523784 2020] [suexec:notice] [pid 4754] AH01232: suEXEC mechanism enabled (wrapper: /usr/sbin/suexec)
[Fri Aug 28 01:58:09.534708 2020] [so:warn] [pid 4754] AH01574: module rewrite_module is already loaded, skipping
[Fri Aug 28 01:58:09.537129 2020] [lbmethod_heartbeat:notice] [pid 4754] AH02282: No slotmem from mod_heartmonitor
[Fri Aug 28 01:58:09.539013 2020] [mpm_prefork:notice] [pid 4754] AH00163: Apache/2.4.6 (CentOS) mod_wsgi/4.6.5 Python/3.6 configured -- resuming normal operations
[Fri Aug 28 01:58:09.539036 2020] [core:notice] [pid 4754] AH00094: Command line: '/usr/sbin/httpd -D FOREGROUND'
Error: C stack usage  1087224955812 is too close to the limit
Error: C stack usage  1087224955860 is too close to the limit
Error: C stack usage  1087224955332 is too close to the limit
Fatal error: unable to initialize the JIT

已将代码推送到导入的子进程，然后按照此处的建议在包装器中调用：https://rpy2.github.io/doc/v3.3.x/html/rinterface.html#multithreading

from rpy2.rinterface_lib import openrlib

....

with openrlib.rlock:
    import farrington2
    d=farrington2.main()
    pass

【讨论】：