是否可以将 pandas 对象与 rpy2 一起使用？

Question

我想将 pandas 与 R 结合使用，所以我做到了：

import pandas as pd
import rpy2.robjects as robjects

>>> df = pd.DataFrame({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6]},index=["one", "two"])
>>> robjects.r.cor(df.A, df.B)
    ValueError: Nothing can be done for the type <class 'pandas.core.series.Series'> at the moment.

这是否意味着我还不能在 rpy2 中使用 pandas 的对象？

然后我尝试了：

import pandas.rpy.common as com

df = pd.DataFrame({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6]},index=["one", "two"])
rdf = com.convert_to_r_dataframe(df)

但是我将如何使用rdf 完成上述操作？例如，rdf['A'] 给了我一个TypeError

Answer 1

你为什么不用熊猫？

import pandas as pd
from scipy import stats

df = pd.DataFrame({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6]})
df.corr('pearson')
=> A  B
A  1  1
B  1  1
stats.f_oneway(df['A'], df['B'])
=> (13.5, 0.021311641128756723)

我知道这并不能准确回答您的问题，但有时遇到此类问题表明您没有按预期使用这些工具。

Answer 2

初步支持无缝使用 pandas 和 R/rpy。

你需要这样做：

from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

文档有点落后，支持不完整，但是有一个小例子可以说明这个方向：

https://plus.google.com/116424798545383828852/posts/jPfZ8VcTVi3