在 os x 10.6 上安装 rpy2 时出错：无法执行 gcc-4.0答案

【问题标题】：error installing rpy2 on os x 10.6: unable to execute gcc-4.0在 os x 10.6 上安装 rpy2 时出错：无法执行 gcc-4.0
【发布时间】：2011-10-14 10:01:35
【问题描述】：

我正在尝试使用 pip 安装 rpy2：

    $ sudo pip install rpy2

错误退出：

    gcc-4.0 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch ppc -arch i386 -g -O2 -DNDEBUG -g -O3 -DR_INTERFACE_PTRS=1 -DHAVE_POSIX_SIGJMP=1 -DCSTACK_DEFNS=1 -DRIF_HAS_RSIGHAND=1 -I./rpy/rinterface -I/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -I/opt/local/lib/R/include -c ./rpy/rinterface/_rinterface.c -o build/temp.macosx-10.3-fat-2.7/./rpy/rinterface/_rinterface.o

    unable to execute gcc-4.0: No such file or directory

    error: command 'gcc-4.0' failed with exit status 1

我也尝试使用 macports 安装 rpy2，但是安装完成但 rpy2 不会导入。我已经安装了 XCode，版本 4.0.2 Build 4A2002a，并安装了 gcc。

    $ which gcc

    /usr/bin/gcc

和

    $ gcc

    i686-apple-darwin10-gcc-4.2.1: no input files

似乎它正在寻找旧版本的 gcc，我不知道如何将它指向正确的位置。任何帮助将不胜感激。

【问题讨论】：

标签： python r gcc pip rpy2

【解决方案1】：

似乎认为您使用的是 OSX 10.3：build/temp.macosx-10.3，这可能是它试图寻找旧的 gcc 编译器的原因。

你应该可以用 CC 环境覆盖编译器：

export CC=gcc 
pip install rpy2

我认为是typical distutils issue。

【讨论】：

感谢您的帮助。我点击了您的链接并登陆了here。但是，我无法让它工作。在 python 环境中，我得到： >>> from distutils import sysconfig >>> sysconfig.get_config_var('LDSHARED') 'gcc-4.0 -bundle -undefined dynamic_lookup -arch ppc -arch i386 -g' >>> sysconfig.get_config_var ('CC') 'gcc-4.0' （抱歉，格式化似乎不起作用），但我似乎无法更改 'CC' 变量

【解决方案2】：

::黑客警告::

这可能会导致将来出现其他问题，但是如果您认为编译 rpy2 的 gcc 版本没有什么不同，您可以创建一个名为 /usr/bin/gcc-4.0 的符号链接指向 / usr/bin/gcc 然后再次尝试 pip 安装

【讨论】：

【解决方案3】：

如果有帮助，我用符号链接解决了这个问题，我认为它对你有用。我写这篇文章时考虑到了我的 gcc 版本，即 4.2：

cd /usr/bin
rm cc gcc c++ g++
ln -s gcc-4.2 cc
ln -s gcc-4.2 gcc
ln -s c++-4.2 c++
ln -s g++-4.2 g++
ln -s gcc-4.2 gcc-4.0

你去！

【讨论】：

【解决方案4】：

一个 Idea 会将 gcc-4.0 指向默认的 gcc 标志：

sudo ln -s /usr/bin/gcc /usr/bin/gcc-4.0

【讨论】：