我正在努力从 Python 实现 RTransferEntropy答案

【问题标题】：I'm struggling with implementing RTransferEntropy from Python我正在努力从 Python 实现 RTransferEntropy
【发布时间】：2020-01-31 04:49:59
【问题描述】：

我在 RStudio 中编写了一个 R 脚本，用于计算两个向量 x 和 y 之间的传递熵，并希望从 Python 调用它并验证结果是否一致，以查看我是否做对了：

在 RStudio 中：

TE <- function(x,y) {
  library(RTransferEntropy)
  library(future)

  plan(multiprocess)
  set.seed(12345)
  shannon_te <-transfer_entropy(x,y,nboot=1000)
  result=shannon_te
  return(result)
  }

脚本编译没有错误。现在我测试一下：

n <- 2500
x <- rep(0, n + 200)
y <- rep(0, n + 200)
x[1] <- rnorm(1, 0, 1)
y[1] <- rnorm(1, 0, 1)

for (i in 2:(n + 200)) {
  x[i] <- 0.2 * x[i - 1] + rnorm(1, .2, 1)
  y[i] <- sqrt(abs(x[i - 1])) + rnorm(1, .2, 1)
}

x <- x[-(1:200)]
y <- y[-(1:200)]

TE(x,y) 工作正常并产生传输熵值及其对应的 p 值，这表明 x 对 y 有因果影响，但反之则不然。

现在我希望使用名为 T 的函数在 Python 中调用此脚本：

import numpy as np
from rpy2.robjects.packages import importr
import rpy2.robjects as ro

importr('RTransferEntropy',lib_loc='/Library/Frameworks/R.framework/
Versions/3.6/Resources/library')
base = importr('base')
utils = importr('utils')

import rpy2.robjects.packages as rpackages
import rpy2.robjects

def T(x,y):
    r=ro.r
    r.source("TE.R")
    t=r.TE(x,y)
    return t

这些都不会产生任何错误。我想通过在 Python 中定义相同的向量 x 和 y 来测试这一点，并调用上面的 Python 函数来验证 x 对 y 有因果影响，但反之则不然：

time=np.arange(10)
for t in time:
    x[t+1]=.2*x[t]+np.random.normal(1,.2,1)
    y[t+1]=ma.sqrt(abs(x[t]))+np.random.normal(1,.2,1)  
T(x,y)

这会产生以下错误消息：

【问题讨论】：

标签： python r rpy2

【解决方案1】：

这是我第一次看到或听到这个错误。请注意，RRuntimeError 是嵌入式 R 引发的错误，并由 rpy2 传播到 Python。

为了弄清楚这里发生了什么，我首先将库导入从函数体中取出，以缩短示例并缩小问题的可能根源。一种方法是在 Python 中导入这些：

rtransferentropy = importr('RTransferEntropy')
future = import('future')

【讨论】：

所以用 rtransferentropy = importr('RTransferEntropy') future = import('future') 替换我原来的 importr ？？？这给出了一条以“R [写入控制台]开头的错误消息：错误：'RTransferEntropy'的包或命名空间加载失败但是，importr（'RTransferEntropy'，lib_loc =“/Users/fishbacp/anaconda3/envs/RStudio/lib/ R library") 有效。但是调用上面定义的 T 会给出 NotImplementedError: Conversion 'py2rpy' not defined for objects of type '' 抱歉，我无法确定此处的代码格式。
@fishbacp 我认为，如果您更新问题，您只能使用代码格式。

【解决方案2】：

我发现以下方法有效：

删除：

importr('RTransferEntropy',lib_loc='/Library/Frameworks/R.framework/
Versions/3.6/Resources/library')

替换为：

importr('RTransferEntropy', 
lib_loc="/Users/fishbacp/anaconda3/envs/RStudio/lib/R/library")

添加：

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

我的想法来自Converting python objects for rpy2。

【讨论】：