在 R 中自动创建个人库答案

【问题标题】：automatically create personal library in R在 R 中自动创建个人库
【发布时间】：2017-02-14 05:17:50
【问题描述】：

当你尝试在 R 中安装一个包并且你没有访问默认库路径的权限时，R 会询问你：

您想改用个人图书馆吗？

您想创建一个个人库“~/path”来安装吗打包成？

但是，如果您正在运行 Rscript，这些消息将不会显示并且安装将失败。我可以预定义一个特定的路径并指示 install.packages 使用它，但我不想创建一个特定于这个 Rscript 的附加库路径。我只想使用默认的个人库。有没有办法强制创建个人库而不需要交互？

【问题讨论】：

更新.libPaths()?
您应该完整阅读help(".libPaths")，install.packages 上的帮助提供了一个链接。 "库搜索路径在启动时从环境变量R_LIBS（应该是一个冒号分隔的R库树根目录列表）初始化，然后是环境变量R_LIBS_USER中的那些。只有目录将包括当时存在的。默认情况下，R_LIBS 未设置，R_LIBS_USER 设置为主目录的目录‘R/R.version$platform-library/x.y’（或 CRAN OS X 版本的‘Library/R/x.y/library’），用于 R xyz`我>
（空间不足）话虽如此，我并不喜欢实际安装包的分析脚本。我也可能是少数，并且也是一个强迫性可疑的网络安全家伙，但我宁愿有一个我手动运行的 pkg 安装脚本或一个脚本中的预检检查，然后通知我我缺少什么，特别是如果脚本依赖于较旧或较新版本的软件包，并且出于某种原因我正在运行特定版本。
最好有一个预先在与分析脚本不同的上下文中运行的安装脚本。但是，如果该安装脚本本身是完全自动化的，则需要一种直接的方法来安装用户（非 root）软件包，而无需任何手动交互。例如pip 有一个简单的user 标志，可以通过它来告诉它使用当前用户的主目录而不是系统目录。 install.packages 已经具有执行此操作并确定用户包应该去哪里的功能。它应该有一个user 可选参数，我可以将其设置为TRUE。
我现在解决它的方法是让安装脚本创建~/.local/lib/R，然后使用R_LIBS_USER=~/.local/lib/R R运行R

标签： r rscript

【解决方案1】：

您可以使用Sys.getenv("R_LIBS_USER") 获取本地图书馆搜索位置。

这就是我最终做的事情，它似乎正在工作（最困难的部分是测试解决方案，因为问题仅在您第一次尝试安装软件包时出现）：

# create local user library path (not present by default)
dir.create(path = Sys.getenv("R_LIBS_USER"), showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)
# install to local user library path
install.packages(p, lib = Sys.getenv("R_LIBS_USER"), repos = "https://cran.rstudio.com/")
# Bioconductor version (works for both Bioconductor and CRAN packages)
BiocManager::install(p, update = FALSE, lib = Sys.getenv("R_LIBS_USER"))

正如@hrbrmstr 在 cmets 中指出的那样，强制安装软件包可能不是一个好主意，因此使用风险自负。

【讨论】：

请注意 biocLite 不应再用于安装来自 Bioconductor 的软件包。使用BiocManager::install()
@llrs 好点。这几乎是 4 年前的事了。现已更新。