R 3.4.1 “Single Candle”个人库路径错误：无法创建“NA”

Question

我刚刚在我的 Linux Mint 18.1 Cinnamon 机器上更新到 R（3.4.1“Single Candle”）并尝试安装一个包。 R 返回以下内容：

> install.packages('ggplot2')
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("ggplot2") :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead?  (y/n) y
Would you like to create a personal library
NA
to install packages into?  (y/n) y
Error in install.packages("ggplot2") : unable to create ‘NA’

我之前遇到过“lib not writable”输出，但通常它提供了这样的解决方案：

Would you like to create a personal library
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4
to install packages into?  (y/n) y 

任何想法为什么个人图书馆建议不适用？有没有办法手动覆盖它？

Answer 1

2017 年 7 月 8 日之后，这将解决所有问题

sudo apt-get update

Answer 2

可能这是 R 3.4.1 的一个错误，我的解决方案是更改

R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'} 

在/etc/R/Renviron文件中放入

R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4.1:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

Answer 3

My solution 如下：

在/usr/lib/R/etc/Renviron文件中有一个R的配置

在第 43-45 行有：

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}
##R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Library/R/3.4/library'}

我取消了 R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'} 的注释，重新启动了 RStudio，现在它可以工作了。

编辑：看看 cmets，这似乎是一种有计划的行为。 Here 是另一种解决方案。

Answer 4

查看@Dirk 的评论 (https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=866768) 中的详细信息，这是一种计划行为，以便为系统的所有用户安装一次软件包。

解决方案是让/usr/local/lib/R/ 对所有用户都可写，而不是恢复为每个用户提供个人包库的旧行为。

打开一个终端并：

• 使用cd /usr/local/lib/ 导航到/usr/local/lib/
• 更改所有者：组，以便所有用户都可以写入该文件夹。我碰巧在我的计算机上有一个所有用户都是成员的组，所以我使用了它，但如果需要，请参阅https://askubuntu.com/questions/66718/how-to-manage-users-and-groups 以获取有关设置组的帮助
• 要更改所有权，请使用sudo chown owner:group -R R/。 owner 是任何用户，这并不重要。 group 是关键；确保任何想在您的系统上使用 R 的人都是该组的成员。 -R 是递归的（即对 R/ 中的所有文件和文件夹进行递归）。
• 如果您需要更改组权限，请使用chmod -R 775 R/。这将授予所有者和组读取、写入和执行权限，并授予所有其他人读取和执行权限。

现在重新启动 R，您应该可以将软件包安装到您的共享位置。

Answer 5

在运行某些 Bioconductor 软件包的安装过程时，我也遇到了同样的情况。

然后我意识到我也可以在 bash 命令行上写这个（或类似的）：

export R_LIBS_USER=$HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 && R

或

export R_LIBS_USER=$HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 && rstudio

然后在 R 中运行upgrade.packages()（或install.packages()，或biocLite()）。

这样更改是临时的，您不必更新任何配置文件。

如果随后 .Renvironor.Rprofile` 中的命令在 R 启动期间将 R_USER_LIBS 设置为不同的位置（-检查您的配置），则此 shell 命令将无用。

坚持使用 $HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.X 可能是可取的 如果你已经在这个位置有很多包，你希望它们在那里升级/安装。 我有很多 Bioconductor 包，我不想让它们再次下载，其中一些包在使用时会下载巨大的“Omics”数据集。 可能 /usr/local/lib/R 所在的分区磁盘空间太小或驱动器速度较慢。

Answer 6

我不知道是什么导致了这个问题（我也在 Ubuntu 16.04 上遇到过），但这里有一个快速的解决方法：

.libPaths(c("/home/your_username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/", .libPaths()))

当然，您可以将"/home/your_username/..." 替换为任何其他目录（将存储您的个人库）。

此解决方案使install.packages() 和library() 工作。等待全面修复！

编辑：我应该注意这个解决方案不是持久的。也就是说，重新启动 R 后它不会持续。您可以通过将上述相同的代码行添加到 /home/your_username/.Rprofile 文件来解决此问题。