让 knitr 运行 r 脚本：我使用 read_chunk 还是 source？答案

【问题标题】：Making knitr run a r script: do I use read_chunk or source?让 knitr 运行 r 脚本：我使用 read_chunk 还是 source？
【发布时间】：2013-03-08 06:04:40
【问题描述】：

我正在运行 R 版本 2.15.3 和 RStudio 版本 0.97.312。我有一个脚本可以从各种来源读取我的数据并创建多个 data.tables。然后我有另一个 r 脚本，它使用在第一个脚本中创建的 data.tables。我想把第二个脚本变成一个 R markdown 脚本，这样分析的结果就可以作为报告输出。

我不知道read_chunk 的用途，而不是source。我的read_chunk 不工作，但source 工作。无论哪种情况，我都看不到 RStudio 工作区面板中的对象。

请解释read_chunk和source的区别？我为什么要使用其中一个？为什么我的 .Rmd 脚本不起作用

这是一个非常简单的示例

它不起作用。我收到以下消息

错误：找不到对象“z”

两个简单的文件...

测试 rmd.R 的源代码

x <- 1:10
y <- 3:4
z <- x*y

测试源.Rmd

Can I run another script from Rmd
========================================================

Testing if I can run "test of source to rmd.R"

```{r first part}
require(knitr)
read_chunk("test of source to rmd.R")
a <- z-1000
a
```

The above worked only if I replaced "read_chunk" with "source". I 
can use the vectors outside of the code chunk as in inline usage. 
So here I will tell you that the first number is `r a[1]`. The most 
interesting thing is that I cannot see the variables in RStudio 
workspace but it must be there somewhere.

【问题讨论】：

标签： r knitr rstudio

【解决方案1】：

read_chunk()只读取源代码（供以后参考）；它不会评估像source() 这样的代码。 read_chunk() 的用途在 this page 和 the manual 中进行了说明。

【讨论】：

我读过“代码外部化”。也许因为我不是一个“真正的”程序员，我一开始并没有意识到阅读和评估之间的区别。为什么要阅读以前的代码但不评估它？对于我想做的事情，我可以看到我显然必须使用source。
我还了解到，每次 knitr 运行都是一个单独的会话，并且不能使用我的 RStudio 会话中存在的对象。因此，当我编写（起草、开发）我的 .Rmd 脚本时，我需要首先简单地拉入由原始源 .r 文件生成的 .Rdata 图像文件。如果我在开发过程中重复运行我的 .Rmd 以查看我的表现，我将不得不在每次执行 source 行时等待 10-20 秒。一旦一切正常，我就可以恢复使用source，以便将来的运行获取最新数据。
1.存储代码块以供将来参考； 2.如果你想要速度，使用块选项cache=TRUE。我的答案中的两个链接是我最好的解释尝试。如果您已阅读它们但仍然不理解 read_chunk()，我建议您将其抛在脑后——您可能并不真正需要它。
子文档呢？它有不同的用途吗？听起来很相似“这个想法就像 LaTeX 中的命令 \input{} 或 \include{} 来管理较小部分的大型文档。”来自http://yihui.name/knitr/demo/child/ 与“您不必将 R 代码放入输入文档；使用 knitr，您可以将输入文档与 R 脚本分开”来自http://yihui.name/knitr/demo/externalization/ 我希望能快速了解基本差异（如果有的话） . +1
@Yihui source 似乎不起作用——为了 html 的缘故，我因为在我的代码中包含 < 字符而大喊大叫。我该怎么做？

【解决方案2】：

没有从knitrAFAIK 中交互式运行块的选项。但是，这可以通过以下方式轻松完成：

#' Run a previously loaded chunk interactively
#'
#' Takes labeled code loaded with load_chunk and runs it in the /global/ envir (unless otherwise specified)
#'
#' @param chunkName The name of the chunk as a character string
#' @param envir The environment in which the chunk is to be evaluated 
run_chunk <- function(chunkName,envir=.GlobalEnv) {
    chunkName <- unlist(lapply(as.list(substitute(.(chunkName)))[-1], as.character))    
    eval(parse(text=knitr:::knit_code$get(chunkName)),envir=envir) 
} 
NULL

【讨论】：

【解决方案3】：

如果它对其他人有帮助，我发现使用read_chunk() 阅读脚本而不进行评估可能有两种用途。首先，您可能有一个包含许多块的脚本，并希望控制哪些块在哪里运行（例如，特定位置的绘图或表格）。当我想在脚本中运行所有内容时（例如，在文档的开头加载一组标准的包或自定义函数），我使用source。我已经开始在文档的早期使用read_chunk 来加载脚本，然后有选择地在我需要的地方运行我想要的块。

其次，如果您直接或交互地使用 R 脚本，您可能需要加载包、数据等的长代码前导码。但是，如果之前主文档中的代码块已经加载了数据。

【讨论】：