运行良好的 R 脚本，不能在 knitr 中运行 - %>% 的问题答案

【问题标题】：R Script that works fine, does not run in knitr - issue with %>%运行良好的 R 脚本，不能在 knitr 中运行 - %>% 的问题
【发布时间】：2016-01-15 10:15:22
【问题描述】：

我有一个运行良好的 R 脚本（包括 dplyr 和 magrittr）。但是，当我在 .Rmd 中获取脚本并编织它时，我得到了错误

Error in missingStat(oil_condensed_usefulCols): could not find function "%>%" Calls: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> missingStat Execution paused

missingStat 是我的功能之一。这里有什么问题？

【问题讨论】：

您是否也在 .Rmd 文件中导入了 magrittr 库？
不，我在脚本中导入它 - 就像我对所有其他库所做的那样。现在我尝试在运行脚本之前导入它，但错误（不出所料）仍然存在。
你缓存你的块吗？如果是这样，请确保您加载包的地方和您的功能没有被缓存，因为这可能会导致此类问题。
@SarinaJ.：到目前为止，我并没有故意缓存。也许没有刻意 - 有没有办法检查？。
解决方案：将library(...)s 放入.Rmd。但是为什么我的包不能在脚本中？脚本范围和library(...)s 是否未转移到 .Rmd 范围？（我很乐意接受 ;-)。）

标签： r dplyr knitr

【解决方案1】：

尝试将调用 library(dplyr) 移动到 R 脚本中的命名代码块中，而不是将其放入 Rmd 文件中。您还需要禁用外部 R 脚本中块的缓存，否则您对脚本所做的更改可能不会出现在编织输出中。

我可以使用 'knitr::read_chunk' 和一个包含命名块但在块外调用 library 的外部文件来重现错误。

这是一个使用dplyr 的最小外部R 脚本，称之为dplyr_cars.R：

library(dplyr)
## ---- speed-13
cars %>% 
  filter(speed > 13) %>% 
  summary

注意命名块，使用## ---- <name> 创建，library(dplyr) 在名称上方。

然后，在externalize_dplyr.Rmd 文件中：

---
title: "Externalize Dplyr"
date: "January 20, 2016"
output: html_document
---

```{r cache=FALSE}
knitr::read_chunk('dplyr_cars.R')
```

```{r speed-13}
```

编织这个会产生你报的错误：

Error in eval(expr, envir, enclos) : could not find function "%>%"
Calls: <Anonymous> ... handle -> withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval

但是如果你将库声明移动到命名的块中，它就可以工作。

## ---- speed-13
library(dplyr)
cars %>% 
  filter(speed > 13) %>% 
  summary

【讨论】：