生成 HTML 时如何使用 rmarkdown 删除输出消息，答案

【问题标题】：how to remove output messages with rmarkdown when generating HTML ,生成 HTML 时如何使用 rmarkdown 删除输出消息，
【发布时间】：2016-07-17 11:01:21
【问题描述】：

我有一些简单的 rmarkdown 代码可以生成一些 HTML。当我运行这段代码时，我会在控制台中得到一堆输出，如下所示..

|…………| 14% 没有R代码的普通文本

|…………| 29% 标签：unnamed-chunk-1（带选项） 2名单 $ 结果：chr "asis" $ echo : logi FALSE

|.......................| 43% 没有R代码的普通文本

|..................................... | 57% 标签：unnamed-chunk-2（带选项） 2名单 $ 结果：chr "asis" $ echo : logi FALSE

|.................................................. | 71% 没有R代码的普通文本

|.................................................. .......... | 86% 标签：unnamed-chunk-3（带选项） 2名单 $ 结果：chr "asis" $ echo : logi FALSE

|.................................................. ....................| 100% 内联 R 代码片段

这是生成此输出的代码..

---
output:
  html_document:
    theme: null
    highlight: null
    css: src/bootstrap.css
---
<link href="src/style.css" rel="stylesheet">

<div id="page">

<h3 id="title-style"> Identification of Respiratory Tract Pathogens by Unbiased Sequencing </h3>

  <p id="inline">Patient: </p>
  <p id="inline">Date of Birth: </p>
  <p id="inline">Gender: </p>
  <p id="inline">Physician: </p>
  <p id="inline">Client: </p>
  <p id="inline">Client Address: </p>

<div id="logo2-lp">
  ![logo](src/logo.png)
</div>

<div id="spacer"></div>

<h3 id="header-style-vir"> Detected Pathogens </h3>
<table id="table-style-vir">
<tr>
 <td>
```{r results='asis', echo=FALSE}
  library(xtable)
  print(xtable(pathogens_table2[c(1:nrow(pathogens_table2)),c(4:10)]),type='html',include.rownames=FALSE)
```
 </td>
</tr>
</table>

<h3 id="header-style-vir"> Evidence for Detection </h3>

<div id="font-style-text">
<font size=1 >
"Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat."
</font>
</div>


</div>

我尝试向嵌入的 R 代码添加选项，例如 warning=FALSE、message=FALSE、error=FALSE、results=‘HIDE’、echo=FALSE 或所有这些选项的组合，但均未成功。我在调用markdown文件时也试过这段代码..

 suppressMessages(rmarkdown::render(“markdown_file.Rmd", output_file = “output.html”))

这也没有给我预期的结果。运行 rmarkdown 文件时如何完全删除到控制台的输出？

【问题讨论】：

将quiet = TRUE 添加到您的render 命令？ warning、message、error、results 和 echo 是块命令，仅影响块输出。
谢谢@Roman Luštrik！正是我想要的

标签： r markdown

【解决方案1】：

除了 Roman 的使用render() 选项的解决方案之外，您还可以在文件顶部附近的一个块中修改opts_knit 设置，例如：

```{r}
opts_knit$set(progress=FALSE, verbose=FALSE)
```

这样，即使您自己没有直接调用render()，进度也会被隐藏。

【讨论】：