【问题标题】:R Notebook: Include figures in report and save plotsR Notebook:在报告中包含数字并保存图
【发布时间】:2018-09-01 07:12:17
【问题描述】:

我正在使用 R Notebook,我希望我的绘图在代码运行时自动保存到磁盘,并内联显示。

knitr: include figures in report *and* output figures to separate files 为 R Markdown 解决了这个问题,但给出的解决方案不适用于 R Notebook。 R Notebooks 有类似的选项吗?

【问题讨论】:

    标签: r r-markdown rnotebook


    【解决方案1】:

    这最终对我有用(请参阅@TCZhang 对我的问题here 的回答):

    除了设置@DonJ 建议的 knitr chunk fig.path="figures/" 选项,尝试设置output: html_document,或者只需按下顶部Preview [Notebook] 按钮旁边的下拉菜单,然后按下Knit to HTML。我认为这不起作用的原因是您的输出设置为output: html_notebook

    我不知道为什么当文档为 R Notebook 格式时这不起作用。我也希望这适用于output: html_notebook,所以这可能是我们需要使用 RStudio 或 knitr 打开的问题。

    【讨论】:

      【解决方案2】:

      尝试设置 knitr fig.path 选项:

      knitr::opts_chunk$set(fig.path = "path/to/figures/")
      

      其中path/to/figures/ 是您的图形将被保存的子目录的路径。尾部斜杠是必需的。这应该是相对路径,相对于 RNotebook 文件或项目目录。请参阅here::here() 了解查找项目目录的便捷方法。

      这会将每个图形放入该目录;图形名称将基于块名称(所以命名你的块!)

      【讨论】:

      • 这对我不起作用。绘图显示在已保存的笔记本 HTML 文件中,但没有保存到指定文件夹中的绘图。
      • 我也尝试直接在块中设置它,但这也不起作用:{r test, fig.path="/figs/"} hist(iris$Sepal.Length)
      • 试试{r test, fig.path="figs/"}。当前,您正在 / 下创建顶级目录。
      • 您好,感谢您的建议,但是,这也不起作用。没有任何内容保存到 "figs/" 子目录中。
      • 如何指定要使用的图形驱动程序?这样的jpeg还是pdf?
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