从 Github 将数据导入 R (rdata)答案

【问题标题】：Importing data into R (rdata) from Github从 Github 将数据导入 R (rdata)
【发布时间】：2014-09-10 20:07:00
【问题描述】：

我想在 Github 上放一些 R 代码和相关的数据文件（RData）。

到目前为止，一切正常。但是当人们克隆存储库时，我希望他们能够立即运行代码。目前，这是不可能的，因为他们必须将工作目录 (setwd) 更改为 RData 文件被克隆（即下载）到的目录。

因此，我认为如果我更改 R 代码使其链接到 github 上的 RData 文件可能会更容易。但我无法使用以下 sn-p 使其工作。我想也许有一些问题文本/二进制问题。

x <- RCurl::getURL("https://github.com/thefactmachine/hex-binning-gis-data/raw/master/popDensity.RData")
y <- load(x)

任何帮助将不胜感激。

谢谢

【问题讨论】：

标签： r github rdata

【解决方案1】：

load 采用文件名。

x <- RCurl::getURL("https://github.com/thefactmachine/hex-binning-gis-data/raw/master/popDensity.RData")
writeLines(x, tmp <- tempfile())
y <- load(tmp)

【讨论】：

感谢发帖。我尝试了上面的解决方案，但收到以下消息。我尝试了几个不同的文件。错误：坏恢复文件幻数（文件可能已损坏）-未加载数据另外：警告消息：文件'filef00b79947a46'具有幻数''不推荐使用2之前的保存版本

【解决方案2】：

这对我有用：

githubURL <- "https://github.com/thefactmachine/hex-binning-gis-data/raw/master/popDensity.RData"
load(url(githubURL))
head(df)
#          X        Y        Z
# 1 16602794 -4183983 94.92019
# 2 16602814 -4183983 91.15794
# 3 16602834 -4183983 87.44995
# 4 16602854 -4183983 83.79617
# 5 16602874 -4183983 80.19643
# 6 16602894 -4183983 76.65052

编辑对 OP 评论的回应。

来自文档：

请注意，除 Windows 外，不支持 https:// URL 方案。

所以你可以试试这个：

download.file(githubURL,"myfile")
load("myfile")

这也适用于我，但这会使您的工作目录变得混乱。如果这不起作用，请尝试在对download.file(...) 的调用中设置method="curl"。

【讨论】：

感谢发帖。当我尝试上面的代码时收到以下错误消息：加载错误（url（githubURL））：无法打开我正在使用 R Studio 的连接。
我认为问题在于使用https。请参阅我对（可能）有效的替代方案的编辑 - 因为所有这些都在我的系统上工作，所以很难知道。如果您只是将 url 更改为 http://...，会发生什么？这也适用于我。
来自download.file 的load 导致还原文件幻数错误（文件可能已损坏）- 未加载数据。什么对我有用：load(url(githubURL)).

【解决方案3】：

我以前也遇到过这个问题，我发现最可靠的解决方案是使用来自奇妙的 [devtools][1] 包的source_url 的微小修改。这对我有用（在 Mac 上）。

load_url <- function (url, ..., sha1 = NULL) {
  # based very closely on code for devtools::source_url
  stopifnot(is.character(url), length(url) == 1)
  temp_file <- tempfile()
  on.exit(unlink(temp_file))
  request <- httr::GET(url)
  httr::stop_for_status(request)
  writeBin(httr::content(request, type = "raw"), temp_file)
  file_sha1 <- digest::digest(file = temp_file, algo = "sha1")
  if (is.null(sha1)) {
    message("SHA-1 hash of file is ", file_sha1)
  }
  else {
    if (nchar(sha1) < 6) {
      stop("Supplied SHA-1 hash is too short (must be at least 6 characters)")
    }
    file_sha1 <- substr(file_sha1, 1, nchar(sha1))
    if (!identical(file_sha1, sha1)) {
      stop("SHA-1 hash of downloaded file (", file_sha1, 
           ")\n  does not match expected value (", sha1, 
           ")", call. = FALSE)
    }
  }
  load(temp_file, envir = .GlobalEnv)
}

我使用非常相似的修改从 github 获取文本文件，使用 read.table 等。请注意，您需要使用 github URL 的“原始”版本（您在问题中包含）。

[1]https://github.com/hadley/devtoolspackage

【讨论】：