我正在尝试将 CSV 从 github 读入 R：
latent.growth.data <- read.csv("https://github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/blob/master/LGC_data.csv")
但是，这给了我：
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") : unsupported URL scheme
我尝试了?read.csv、?download.file、getURL（只返回了奇怪的 HTML）以及data import manual，但仍然不明白如何使其工作。
我做错了什么？
【问题讨论】：
标签： r data-manipulation data-management
试试这个：
library(RCurl)
x <- getURL("https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv")
y <- read.csv(text = x)
你有两个问题：
RCurl 这样的包来解决它。在某些情况下（但不是在 Github 上），您可以简单地将 https 替换为 http 并解决问题，因此您总是可以先尝试一下，但我发现使用 RCurl 可靠且不需要太多额外的输入。【讨论】：
Error in function (type, msg, asError = TRUE) : SSL certificate problem: unable to get local issuer certificate？
y <- read.csv(text=getURL("https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv"))
x <- getURL("https://github.com/eparker12/nCoV_tracker/blob/master/input_data/coronavirus_today.csv") y <- read.csv(text = x)
来自url的文档：
请注意，不支持“https://”连接（有些 Windows 上的例外情况）。
所以问题是 R 不允许连接到https URL。
您可以将download.file 与curl 一起使用：
download.file("https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv",
destfile = "/tmp/test.csv", method = "curl")
【讨论】：
我正在使用 R 3.0.2，这段代码可以完成这项工作。
urlfile<-'https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv'
dsin<-read.csv(urlfile)
还有这个
urlfile<-'https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv'
dsin<-read.csv(url(urlfile))
编辑（会话信息）
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Polish_Poland.1250 LC_CTYPE=Polish_Poland.1250
[3] LC_MONETARY=Polish_Poland.1250 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Polish_Poland.1250
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.0.2
【讨论】：
?url：请注意，除 Windows 外，不支持“https://”URL 方案。
意识到这个问题已经很老了，Google 仍然将其报告为最高结果（至少对我而言），因此我决定提供 2015 年的答案。
人们现在普遍迁移到curl 包（包括著名的httr），如by r-bloggers 所述，它提供了以下非常简单的解决方案：
library(curl)
x <- read.csv( curl("https://raw.githubusercontent.com/trinker/dummy/master/data/gcircles.csv") )
【讨论】：
以与 akhmed 类似的方式，我想我会更新答案，因为现在您可以使用 Hadley 的 readr 包。
只需要注意一件事：您需要将网址作为 原始 内容（请参阅下面的 //raw.git...）。
这是一个例子：
library(readr)
data <- read_csv("https://raw.githubusercontent.com/RobertMyles/Bayesian-Ideal-Point-IRT-Models/master/Senate_Example.csv")
瞧！
【讨论】：
这就是我一直在帮助开发 rio 的目的。它基本上是一个通用的数据导入/导出包，支持 HTTPS/SSL 并从其扩展名中推断文件类型，因此您可以使用一个导入功能读取基本上任何内容：
library("rio")
如果您从 Github 获取 CSV 的“原始”网址，则可以使用 import 将其加载一行：
import("https://raw.githubusercontent.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv")
结果是一个data.frame：
top100_repository_name month monthly_increase monthly_begin_at monthly_end_with
1 Bukkit 2012-03 9 431 440
2 Bukkit 2012-04 19 438 457
3 Bukkit 2012-05 19 455 474
4 Bukkit 2012-06 18 475 493
5 Bukkit 2012-07 15 492 507
6 Bukkit 2012-08 50 506 556
...
【讨论】：
get_ext(file) : file has no extension
现在 GitHub 似乎希望您通过他们的 API 来获取内容。我使用gh包如下：
require(gh)
tmp = tempfile()
qurl = 'https://raw.githubusercontent.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv'
# download
gh(paste0('GET ', qurl), .destfile = tmp, .overwrite = TRUE)
# read
read.csv(tmp)
重要的部分是您提供个人访问令牌 (PAT)。通过gh(.token = ) 参数，或者像我一样，通过在~/.Renviron 文件[1] 中全局设置PAT。当然，您首先必须在您的GitHub account 创建 PAT。
[1] ~/.Renviron，我猜是所有r-lib 包首先搜索的，因为gh 是一个。其中的令牌应如下所示：
GITHUB_PAT = "XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX"
您也可以使用 usethis 包来设置 PAT。
【讨论】：
一种相当愚蠢的方式...使用剪贴板中的复制/粘贴
x <- read.table(file = "clipboard", sep = "t", header=TRUE)
【讨论】：
至少对我来说，curl 在 Windows 中可能不起作用
这在 Windows 中对我有用
download.file("https://github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv",
destfile = "/tmp/test.csv",method="wininet")
在 Linux 中
download.file("https://github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv",
destfile = "/tmp/test.csv",method="curl")
【讨论】：
正如其他帖子所述，只需转到 github 上的原始代码链接即可。
例如：
x
【讨论】：