使用“which”提取非零 glmnet 系数时出错答案

【问题标题】：Error extracting non-zero glmnet coefficients with "which"使用“which”提取非零 glmnet 系数时出错
【发布时间】：2020-01-27 13:40:21
【问题描述】：

我用 glmnet 安装了一个 cox 模型，例如：

fitL <- glmnet(
  X,
  Y,
  family = "cox",
  alpha = 1,
  lambda = cvL$lambda.min, #cvL obteined with cv.glmnet
  standardize = FALSE,
  thresh = thresh
)

我得到了：

str(coef(fitL) != 0)
Formal class 'lgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:24] 0 76 81 96 125 149 213 266 277 415 ...
  ..@ p       : int [1:2] 0 24
  ..@ Dim     : int [1:2] 1000 1
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:1000] "001" "002" "003" "004" ...
  .. ..$ : chr "s0"
  ..@ x       : logi [1:24] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE ...
  ..@ factors : list()

我想提取非零系数（即所选变量），我使用了“which”，但出现了这个错误：

> which (coef (fitL)! = 0)

base :: which (x, arr.ind, useNames, ...): 'which' 参数必须是逻辑类型

我还使用了coefplot 建议的here 包的extract.coef 函数。我有这个错误：

> library (coefplot)
> coefplot :: extract.coef (fitL)

UseMethod 中的错误（通用 =“extract.coef”，对象 = 模型）：不适用于“c”类对象的“extract.coef”方法 ('coxnet', 'glmnet')"

【问题讨论】：

标签： r glmnet coefficients cox

【解决方案1】：

使用predict 代替参数type="nonzero"。

【讨论】：

【解决方案2】：

对象(coef(fitL) != 0) 具有类lgCMatrix。尝试使用as.vector

【讨论】：

谢谢你的回答，它的工作：which(as.vector(coef(fitL) != 0)) [1] 1 77 82 97 126 150 214 267 278 416 522 617 621 701 714 810 822 858 859 [20] 876 886 ....