【发布时间】:2022-10-07 19:59:02
【问题描述】:
我对观察数据是连续潜在参数离散化的模型感兴趣。
作为一个简单的例子,假设你有观察J_i,
在哪里
J_i = 1 if L_i >= 1
J_i = -1 if L_i < -1
J_i = 0 if -1 <= L_i < 1
L_i = \mu + \epsilon_i
我们想推断\mu
这将如何在 Stan 中实现?
【问题讨论】:
标签: stan
我对观察数据是连续潜在参数离散化的模型感兴趣。
作为一个简单的例子,假设你有观察J_i,
在哪里
J_i = 1 if L_i >= 1
J_i = -1 if L_i < -1
J_i = 0 if -1 <= L_i < 1
L_i = \mu + \epsilon_i
我们想推断\mu
这将如何在 Stan 中实现?
【问题讨论】:
标签: stan
假设L[i] 与平均值mu 和标准差epsilon[i] 正态分布,一种方法是考虑J[i] 是从3 个类别(即-1、0、1)的分类分布中得出的,其中参数theta[i](每个长度为3),其中每个theta[i][j]是参数(mu, epsilon[i])在对应区间的正态概率分布下的区域。下面可以看到一个例子。
因此,我们可以将theta 作为参数矩阵包含在transformed parameters 块中,而无需在Stan 模型中指定L。下面是一个示例实现。请注意,为了方便使用categorical 函数,此处将类别视为1, 2, 3 而不是-1, 0, 1。
模型.stan:
data {
int<lower=0> N; // number of samples
int J[N]; // observed values
}
parameters {
real mu; // mean value to infer
real<lower=0> epsilon[N]; // standard deviations
}
transformed parameters {
matrix[N, 3] theta; // parameters of categorical distributions
for (i in 1:N) {
theta[i, 1] = Phi((-1 - mu) / epsilon[i]); // Area from -Inf to -1
theta[i, 3] = 1 - Phi((1 - mu) / epsilon[i]); // Area from 1 to Inf
theta[i, 2] = 1 - theta[i, 1] - theta[i, 3]; // The rest of the area
}
}
model {
mu ~ normal(0, 10); // prior for mu
for (i in 1:N) {
epsilon[i] ~ lognormal(0, 1); // prior for epsilon[i]
J[i] ~ categorical(to_vector(theta[i]));
}
}
R 中的一个示例用法如下。
主.R:
library(rstan)
set.seed(100)
# simulated data
N <- 20
mu <- -1.2 # This is the value we want to estimate
epsilon <- runif(N, 0.5, 2)
L <- rnorm(N, mu, epsilon)
J <- ifelse(L < -1, 1, ifelse(L >= 1, 3, 2))
mdl <- stan("model.stan", data = list(N = N, J = J))
samples <- extract(mdl, "mu")
mu_estimate <- list(mean = mean(samples$mu), sd = sd(samples$mu))
print(mu_estimate)
# $mean
# [1] -1.177485
#
# $sd
# [1] 0.2540879
【讨论】: