防止更新中间文件时重新运行规则答案

【问题标题】：Prevent rules from rerunning when intermediate file is updated防止更新中间文件时重新运行规则
【发布时间】：2022-08-06 12:16:28
【问题描述】：

假设我的蛇形文件中有两条规则

第一条规则获取远程文件并制作临时本地副本
第二条规则使用本地文件并执行昂贵的任务
现在假设我完成了这个管道，我想添加第三条规则并重新运行管道。
1. 第三条规则使用相同的本地文件并执行不同的任务
有没有一种方法可以在不重新运行规则 #2 的情况下运行这个更新的管道？问题是当我尝试完成规则 #3 时，规则 #1 被触发，然后规则 #2 想要重新运行，因为中间本地文件已更新。

我知道存在使用touch 或ancient 之类的技术，但我不确定它们如何或是否可以在这里应用。有没有办法专门将规则#1标记为不是进行更新？

标签： python snakemake directed-acyclic-graphs orchestration

【解决方案1】：

将规则 2 和 3 的输入文件包装在 ancient 中应该可以防止它们对文件更新做出反应。像这样的东西：

rule a:
     output: 'a.txt'
     shell: 'curl some_url > {output}'

rule b:
     input: ancient('a.txt')
     # do something

rule c:
     input: ancient('a.txt')
     # do something

【讨论】：