如果 Rust 项目已更新，则重新运行规则答案

【问题标题】：Rerun rule if Rust project was updated如果 Rust 项目已更新，则重新运行规则
【发布时间】：2020-08-07 16:17:31
【问题描述】：

我有一个 Snakemake 工作流程，其中包含执行一些 Rust 代码的规则。

我知道要在更新 Rust 代码时重新运行该规则，我必须指定所有 Rust 源作为输入。我的目录布局如下：

Snakefile
|- implementation // subfolder containing a Rust workspace.
   |- Cargo.toml
   |- crateA
      |- Cargo.toml
      |- src // directory tree containing *.rs files
   |- crateB
      |- Cargo.toml
      |- src // directory tree containing *.rs files
   |- crateC
      |- Cargo.toml
      |- src // directory tree containing *.rs files

当工作区中的任何源文件或 Cargo.toml 发生更改时，我想重新运行规则。有没有一些标准的方法可以做到这一点？

如果没有，我如何自动列出所有 Rust 源文件和 Cargo.tomls 作为 Snakemake 规则的输入？

【问题讨论】：

标签： rust snakemake

【解决方案1】：

我想您可以将所有源文件和 toml 文件收集到一个列表中，并将该列表传递给需要它的规则。例如

import pathlib

toml_input = pathlib.Path('implementation').glob('**/*.toml')

rule one:
    input:
        toml_input,
    ...

您希望如何收集这些文件当然取决于您...

【讨论】：