在 Snakemake 文档中，includes directive 可以将另一个工作流程的所有规则合并到主工作流程中，并且显然可以显示在 snakemake --dag -n | dot -Tsvg > dag.svg 中。另一方面，Sub-workflows 可以在主工作流之前执行，如果您开发依赖于其输出的规则。
我的问题是：这两者有什么不同？现在，我正在研究一个工作流程，似乎我可以通过使用includes 并将输出名称放在主工作流程的rule all 中。我什至可以将输出放在主工作流规则的input 中，使includes 工作流在该规则之前执行。此外，无论出于何种原因，我都无法可视化包含子工作流的 DAG。子工作流提供了includes 指令无法提供的哪些功能？
【问题讨论】：
include 没有“合并另一个工作流程”。它只是从另一个文件添加规则，就像您使用复制/粘贴添加它们一样（include 不会影响您的目标规则的细微差别）。 subworkflow 有一组独立的规则，它们一起工作以生成此子工作流的最终目标文件。因此，它的结构很好，并且与主工作流和其他子工作流隔离。
无论如何，我的个人经验表明，Snakemake 中存在一些错误，使子工作流的使用变得非常困难。包含文件非常简单明了。
【讨论】：
我从未使用过子工作流，但在这种情况下，使用它们可能比使用include 指令更方便。 （理论上，我认为您不需要include 和subworkflow，因为您可以将所有内容都写在一个庞大的 Snakefile 中，重点是更方便。）
假设您正在编写一个依赖于已发布作品（或您以前的项目）的结果文件的工作流。作者没有公开你需要的文件，但他们提供了一个 snakemake 工作流程来生成它们。他们的snakemake工作流程可能相当复杂，您需要的文件可能只是中间步骤。因此，您无需了解所有工作流程并将其解析为您自己的include 指令，而是使用subworkflow 生成所需的文件。例如：
subworkflow jones_etal:
workdir:
"./jones_etal"
snakefile:
"./jones_etal/Snakefile"
rule all:
input:
'my_results.txt',
rule one:
input:
jones_etal('from_jones.txt'),
output:
'my_results.txt',
...
【讨论】：