使用猿库运行 Rscript 与源代码的区别答案

【问题标题】：Difference running Rscript vs source with ape library使用猿库运行 Rscript 与源代码的区别
【发布时间】：2014-05-03 00:59:29
【问题描述】：

我在一个文件中有以下脚本（称为“temp.R”）：

library(ape)
tree <- rbdtree(0.5, 0.05, 5)
bd.time(tree, 0, 0)

当我运行Rscript temp.R 时，我得到了一些结果：

$par
    birth     death 
0.5289875 0.0000000 

$SS
[1] 9.21573

$convergence
[1] 0

$iterations
[1] 6

$evaluations
function gradient 
       8       16 

$message
[1] "relative convergence (4)"

但是，当我运行 R 然后执行：

source('temp.R')

我收到以下错误：

Error in integrate(Pi, 0, Tmax) : non-finite function value

有谁知道为什么Rscript 和source 之间存在差异，一个有效而另一个失败？如果有帮助，这是在 R 中运行 version 的输出：

               _                           
platform       x86_64-apple-darwin10.8.0   
arch           x86_64                      
os             darwin10.8.0                
system         x86_64, darwin10.8.0        
status                                     
major          3                           
minor          0.1                         
year           2013                        
month          05                          
day            16                          
svn rev        62743                       
language       R                           
version.string R version 3.0.1 (2013-05-16)
nickname       Good Sport

更新：当我多次运行Rscript temp.R 时，有时会收到与运行source 时类似的错误消息：

Error in integrate(Pi, 0, Tmax) : non-finite function value
Calls: bd.time ... objective -> CDF.birth.death -> .CDF.birth.death2 -> integrate
Execution halted

【问题讨论】：

标签： r phylogeny

【解决方案1】：

这与 Rscript 和 source() 之间的区别无关，只是您使用的函数依赖于随机过程，并且取决于它是否有效的起点。我没有仔细查看您要具体实现的目标，但您可能需要更改用于 bd.time 函数的值。

## works
set.seed(123)
library(ape)
tree <- rbdtree(0.5, 0.05, 5)
bd.time(tree, 0, 0)

## doesn't work
set.seed(12345)
library(ape)
tree <- rbdtree(0.5, 0.05, 5)
bd.time(tree, 0, 0)

【讨论】：

使用种子 123，它可以与 Rscript 一起使用，但它不使用 source()。