在 python 中使用 .tiff 图像进行深度学习答案

【问题标题】：Working with .tiff images in python for deep learning在 python 中使用 .tiff 图像进行深度学习
【发布时间】：2022-03-17 19:16:01
【问题描述】：

我目前正在做一个项目，在 python 中使用成像流式细胞仪图像。图像是 .tiff 示例文件名为 image27_Ch1.ome.tiff 。我在打开这些图像时遇到了一些麻烦。我曾尝试使用 matplotlib 和 PIL 以及 tifffile 库，但无论我尝试什么似乎都不起作用。它总是告诉我 FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'C:/Users/zacha/Desktop/cell_images/27_Ch1.ome.tiff' 。尽管我两次和三次检查图像的目录是否正确，但即使我从图像属性本身复制并粘贴图像的路径，它仍然会给我这个错误。我尝试将一些图像转换为 .png 图像，并且代码可以工作并加载图像，这并不理想，因为我有一个包含几十万张图像的数据集。我想知道 StackOverflow 世界中是否有人知道如何处理这样的问题，或者过去在 python 中处理过 .tiff 图像。以下是我尝试打开这些图像的一些代码。

import matplotlib.pyplot as plt
path = 'C:/Users/zacha/Desktop/cell_images/27_Ch1.ome.tiff'
I = plt.imread(path)


from PIL import Image
path = 'C:/Users/zacha/Desktop/cell_images/27_Ch1.ome.tiff'
image = Image.open(path)

非常感谢阅读或回答此问题的人。

【问题讨论】：

stackoverflow.com/questions/11727598/…
为避免（或解决）路径问题，请将 TIFF 复制到运行脚本的目录，然后仅使用文件名（不包括目录）而不是完整路径打开它。也可以使用os.system('DIR')查看你正在运行的目录中有哪些图片文件。
而且文件名不是27_Ch1.ome.tif而是27_Ch1.ome.tiff？由于代码适用于 PNG 图像，并且错误消息非常清晰，除了不正确的命名和/或扩展名之外，我想不出任何其他问题。
@HansHirse 尝试了 27_Ch1.ome.tif 和 27_Ch1.ome.tiff 都没有成功在同一个目录中，我在paint中打开了 tif 图像并将其保存为 png 图像，因此文件现在看起来像 27_Ch1.ome.png。所以在这个目录中，我现在有两个图像 27_Ch1.ome.tiff 和 27_Ch1.ome.png。 png 图像打开并显示没有问题，但 tif 图像仍然给我同样的错误。我无法将所有图像手动更改为 png，因为我有几十万张。
看起来您在 Windows 上，但您使用的是 unix 正斜杠目录分隔符。 ...虽然大多数库似乎可以正确管理到 Windows 反斜杠的转换，但也许可以快速尝试使用反斜杠而不是正向。

标签： python image matplotlib python-imaging-library medical-imaging

【解决方案1】：

试试 rasterio 和 matplotlib

import rasterio
import matplotlib.pyplot as plt
src_path = "Your_sat_img.tif"
img = rasterio.open(src_path)
plt.figure(figsize=(22, 22))
plt.imshow(img.read([1,2,3]).transpose(1, 2, 0))

【讨论】：