awk 匹配两个文件之间的字段并在匹配时使用条件答案

【问题标题】：awk to match field between two files and use conditions on matchawk 匹配两个文件之间的字段并在匹配时使用条件
【发布时间】：2016-10-15 03:25:14
【问题描述】：

我正在尝试在file2 的$2 中寻找$2 的file1 （跳过标题），如果它们匹配并且$10 中的值是> 30 和$11 是> 49，然后将该行打印到 output 文件。下面的awk 有语法错误，尽管shellcheck 没有返回任何内容。输入和输出都是tab-delimited。我认为以下内容很接近，但不确定出了什么问题。谢谢：）。

awk

 awk -F'\t' -v OFS='\t' 'NR==FNR{A[$2];next}$2 in A
{if($10 >.5 OFS $11 > 49)
print ; next
' file1 file2
awk: cmd. line:2: {if($10 >.5 OFS $11 > 49)
awk: cmd. line:2:                   ^ syntax error
awk: cmd. line:3: print ; next
awk: cmd. line:3:             ^ unexpected newline or end of string

文件1

Missing in IDP but found in Reference:
2   166848646   G   A   exonic  SCN1A   68  13  16;20   0;0 17;15   0;0 0;0 0;0     c.[5139C>T]+[=] 52.94

文件2

chr2    166245425   SCN2A   AMPL5155065355  SNP Het C/T C   T   54  100   50    23  27
chr2    166848646   SCN1A   AMPL1543060606  SNP Het        G/A   G  A   52.9411764706   100 68  32  36

期望的输出

2   166848646   G   A   exonic  SCN1A   68  13  16;20   0;0 17;15   0;0 0;0 0;0     c.[5139C>T]+[=] 52.94

用新的awk编辑

awk -F'\t' -v OFS='\t' 'NR==FNR{A[$2];next}$2 in A {
if($10 >.5 OFS $11 > 49) >>> if($10 >.5 && $11 > 49)
print }
' file1 file2 > out
awk: cmd. line:2: if($10 >.5 OFS $11 > 49) >>> if($10 >.5 && $11 > 49)
awk: cmd. line:2:                    ^ syntax error

【问题讨论】：

一件快事：if($10 >.5 OFS $11 > 49) >>> if($10 >.5 && $11 > 49)
另外，print 之后的 next 什么也不做，因此您可以将其删除。然后你应该在结束'之前添加缺少的结束}。
使用新的awk 添加了编辑，但在shellcheck 未检测到错误时出现语法错误。谢谢你:)。
对不起！通过“>>>”，我的意思是用另一个替换一个——我应该更明确地说明这一点。无论如何，看起来@karafka 为您提供了答案，如下所示。
猜猜shellcheck 是要检查什么 - shell！ awk 不是 shell，它是 awk，一种完全不同的工具和语言，您可以从 shell 或 Windows 批处理文件或任何地方调用它。阅读 Arnold Robbins 的 Effective Awk Programming，第 4 版，因为现在您只是在猜测 awk 的语法和语义，而这并不奇怪。

标签： awk

【解决方案1】：

给你...

$ awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} NR==FNR{a[$2]; next} 
                          ($2 in a) && $10>30 && $11>49 ' file1 file2

【讨论】：