如何将多个队列通道与 Nextflow 中的值结合起来？答案

【问题标题】：How to combine multiple queue channels with values in Nextflow?如何将多个队列通道与 Nextflow 中的值结合起来？
【发布时间】：2020-07-07 17:00:20
【问题描述】：

我想在 Nextflow 上的先前流程的同一输入上使用不同的变量多次运行分析：

process a {
    output:
    file id, "{id}.out" into a
}

metadata = Channel.fromPath("metadata.tsv")

vars_to_analyze = Channel.from(["var_a", "var_b"])

process b {
    input:
    tuple id, file from a
    file m from metadata
    val var from vars_to_analyze

    output:
    tuple id, path("${id}-${var}.out") into b

    """
    command --var ${var} --metadata ${m} ${file} > ${id}-${var}.out
    """
}

重用具有不同值的元数据和文件的正确方法是什么？

【问题讨论】：

似乎combine operator 应该是这样，但似乎无法使其工作：combined = a.combine(metadata).combine(vars_to_analyze)
.combine() 有什么问题？
不要多次使用同一个输入。

标签： bioinformatics pipeline nextflow

【解决方案1】：

元数据文件不要使用通道，只需声明为

metadata = file("metadata.tsv")

【讨论】：