进行分组条形图的最简单方法答案

【问题标题】：Simplest way to do grouped barplot进行分组条形图的最简单方法
【发布时间】：2013-07-17 06:22:30
【问题描述】：

我有以下数据框：

 Catergory        Reason Species
1   Decline       Genuine      24
2  Improved       Genuine      16
3  Improved Misclassified      85
4   Decline Misclassified      41
5   Decline     Taxonomic       2
6  Improved     Taxonomic       7
7   Decline       Unclear      41
8  Improved       Unclear     117

我正在尝试制作一个分组条形图，将物种作为高度，然后将 2 种颜色用于分类。

这是我的代码：

Reasonstats<-read.csv("bothstats.csv")
Reasonstats2<-as.matrix(Reasonstats[,3])


barplot((Reasonstats2),beside=T,col=c("darkblue","red"),ylab="number of 
species",names.arg=Reasonstats$Reason, cex.names=0.8,las=2,space=c(0,100)
,ylim=c(0,120))
box(bty="l")

现在我想要的是不必将两个条标记两次并将它们分开，我尝试将空间值更改为各种东西，它似乎并没有将条分开。谁能告诉我我做错了什么？

【问题讨论】：

标签： r bar-chart

【解决方案1】：

在 R 中有几种绘图方法； lattice 就是其中之一，并且始终是一个合理的解决方案，+1 到 @agstudy。如果您想在基本图形中执行此操作，可以尝试以下操作：

Reasonstats <- read.table(text="Category         Reason  Species
                                 Decline        Genuine       24
                                Improved        Genuine       16
                                Improved  Misclassified       85
                                 Decline  Misclassified       41
                                 Decline      Taxonomic        2
                                Improved      Taxonomic        7
                                 Decline        Unclear       41
                                Improved        Unclear      117", header=T)

ReasonstatsDec <- Reasonstats[which(Reasonstats$Category=="Decline"),]
ReasonstatsImp <- Reasonstats[which(Reasonstats$Category=="Improved"),]
Reasonstats3   <- cbind(ReasonstatsImp[,3], ReasonstatsDec[,3])
colnames(Reasonstats3) <- c("Improved", "Decline")
rownames(Reasonstats3) <- ReasonstatsImp$Reason

windows()
  barplot(t(Reasonstats3), beside=TRUE, ylab="number of species", 
          cex.names=0.8, las=2, ylim=c(0,120), col=c("darkblue","red"))
  box(bty="l")

这就是我所做的：我创建了一个包含两列的矩阵（因为您的数据在列中），其中列是 Decline 和 Improved 的物种计数。然后我将这些类别设为列名。我还将Reasons 设为行名。 barplot() 函数可以对这个矩阵进行操作，但需要 rows 中的数据而不是列中的数据，所以我给它提供了一个 transposed 版本的矩阵。最后，我删除了您对 barplot() 函数调用的一些不再需要的参数。 换句话说，问题在于你的数据没有按照你的方式设置 barplot() 想要你想要的输出。

【讨论】：

谢谢。使用基本图形的一个优点是您可以使用 par() 或 layout() 组合多个基本绘图。

【解决方案2】：

使用 ggplot2：

library(ggplot2)
Animals <- read.table(
  header=TRUE, text='Category        Reason Species
1   Decline       Genuine      24
2  Improved       Genuine      16
3  Improved Misclassified      85
4   Decline Misclassified      41
5   Decline     Taxonomic       2
6  Improved     Taxonomic       7
7   Decline       Unclear      41
8  Improved       Unclear     117')

ggplot(Animals, aes(factor(Reason), Species, fill = Category)) + 
  geom_bar(stat="identity", position = "dodge") + 
  scale_fill_brewer(palette = "Set1")

【讨论】：

非常有用，谢谢！
@Jack Ryan 应该是 ggplot(Animals, aes(factor(Reason), Species 还是 ggplot(Animals, aes(factor(Reason), as.factor(Species) ？因为在我的情况下，我拥有相同格式的数据，但它创建了一个堆栈栏而不是组栏。
正如 RKR 指出的那样，ggplot 在绘制分组条形图时需要因子。我也有类似的数据，但由于其他要求，我没有将列作为因素读取，并且在确定此要求之前我无法绘制分组条形图。

【解决方案3】：

我为barplot() 编写了一个名为bar() 的函数包装器来执行您在此处尝试执行的操作，因为我需要经常执行类似的操作。该函数的 Github 链接是 here。将其复制并粘贴到 R 中后，您可以这样做

bar(dv = Species, 
    factors = c(Category, Reason), 
    dataframe = Reasonstats, 
    errbar = FALSE, 
    ylim=c(0, 140))  #I increased the upper y-limit to accommodate the legend.

一个方便的地方是它会使用分类变量中的级别名称（例如，“下降”和“改进”）在图上放置一个图例。如果您的每个级别都有多个观察值，它还可以绘制误差线（此处不适用，因此errbar=FALSE

【讨论】：

在使用包装器时，我在哪里定义用于错误栏的列？谢谢
我想知道，有没有办法堆叠这个直方图？我想创建一个三面板图，前两个带有常规分组条形图，因为此功能允许，然后第三个带有每个条分成两部分。 1/2
2/2 -- 如果我有 bar(dv = numoutspc1, factor = c(Sex, Population), dataframe = WALL, errbar = FALSE, col=c("red","purple" ,"blue"), ylab=c("Number of outliers associated with each PCaxis"), ylim=c(0, 240)) ###但我也希望每个条形图中都有 numoutsPC2。

【解决方案4】：

不是barplot 解决方案，而是使用lattice 和barchart：

library(lattice)
barchart(Species~Reason,data=Reasonstats,groups=Catergory, 
         scales=list(x=list(rot=90,cex=0.8)))

【讨论】：

这里的颜色图例怎么样？
@maciek 您可以在barchart 函数中使用auto.key = T 来获得图例。