首先在打开的项目窗口打开File->Project Structure...，得到如下图所示的项目结构：
Source Folders表示的都是代码源文件目录，生成的class文件会输出到target->classess文件夹中，但是里面的源文件不会复制到target->classes文件夹中，Test Source Folders表示的都是测试代码源文件目录，生成的class文件同样会输出到target->classess文件夹中，并且里面的源文件不会复制到target->classes文件夹中。
而Recource Folders表示的都是资源文件目录，这些目录里面的文件会在代码编译运行被直接复制到target->classess文件夹中。target->classes即为classpath，任何我们需要在classpath前缀中获取的资源都必须在target->classes文件夹中找到，否则将出现java.io.FileNotFoundException的错误信息。
如果想添加一些自己的目录到Source Folders、Resource Folders这样的目录分类里来实现编译过后正确地文件输出，则可以点击需要设置的文件夹，再在文件结构窗口上方的Make as：后面选择正确的目录类型即可。