小白-批量下载SRR数据

1.新建文件，命令为prefetch_bash.sh   (感觉命名简单粗暴啊)

vi prefetch_bash.sh

2.在新建的文件下添加一下内容

#!/bin/bash

for id in  $(seq 1 5)    #记住该语法

do

　　prefetch SRR35899${id}

done

3.给文件一个可执行权限

chmod +755 frefetch_bash.sh

4.添加环境变量或者将其move到/usr/bin即可

添加环境变量：

vi ~/.bashrc

export PATH=/home/lmt/biosoft/data:$PATH

保存之后需source ~/.bashrc

或者move

move   ./frefetch_bash.sh   /usr/bin这样可以直接使用 

5.利用prefetch_bash.sh批量下载所需的SRR文件

在终端输入：prefetch_bash.sh

下载的SRR数据默认存放在：/home/lmt/ncbi/public/sra里