宏蛋白质组数据分析相对较难，不同于常规蛋白质组分析，因为数据库太大，无法直接进行搜库匹配，需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白搜库分析工具。具体效果如何，还需要测试。
1.ProteoStorm
发表：ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics Database Search Framework
Github：https://github.com/miinslin/ProteoStorm
2. MetaPro-IQ
主要针对肠道样本搜库的分析策略，采用3步迭代法。没有打包成工具。
发表：MetaPro-IQ: a universal metaproteomic approach to studying human and mouse gut microbiota
3.diatools
针对DIA肠道菌群数据。
发表：Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry in Metaproteomics of Gut Microbiota—Implementation and Computational Analysis
Github：https://github.com/elolab/diatools
4. Unipept
主要针对下游分析，如物种注释和功能分析。特点，直接从肽段水平去做物种和功能注释。
发表：Unipept 4.0: Functional Analysis of Metaproteome Data
工具：https://unipept.ugent.be/
5.MetaProteomeAnalyzer
采用的是两步搜库法。
发表：The MetaProteomeAnalyzer: A Powerful Open-Source Software Suite for Metaproteomics Data Analysis and Interpretation
MPA Portable: A Stand-Alone Software Package for Analyzing Metaproteome Samples on the Go
Github：https://github.com/compomics/meta-proteome-analyzer