目前最新版本为2.3.2，网址为：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2
安装分为简单的下载可执行文件和源编译安装。
如上图所示，bowtie2-2.3.2-source.zip为源代码，需要用gmake安装，此时，如果系统版本低，没有libTBB的话，可以选择不使用这个库编译
命令是：
unzip bowtie2-2.3.2-source.zip 解压安装包
gmake NO_TBB=1 编译安装
对于下面两个，只需解压缩即可使用：
unzip bowtie2-2.3.2-linux-x86_64.zip
unzip bowtie2-2.3.2-legacy-linux-x86_64.zip
随后添加环境变量：
#bowtie2
export PATH=/home/user/Programs/bowtie2-2.3.2-***:$PATH
即可使用，如果使用预编译版本，运行bowtie2命令时出错，则需要使用不使用TBB库的源编译安装，或者使用legacy版本。