基因结构预测中同源注释策略，将mRNA、cDNA、蛋白、EST等序列比对到组装的基因组中，在文章中通常使用以下比对软件：
- tblastn
- gamp
- exonerate
- blat
根据我的实测，以上软件整体都比较慢。gmap可设置多线程来提升速度。tblastn虽然也可以，但对提速没什么影响。exonerate和gamp巨吃内存。
以下是跑的资源情况。我的组装基因组约400Mb。tblastn的查询序列311764条，gmap的查询序列1483791条，exonerate的查询序列43632条。
另有一款软件 spaln：https://github.com/ogotoh/spaln，据说很快。但文档比较费解，我懒得摸索，暂时还没用起来。
因此，我的建议是如果你的服务器配置很高，首选gmap多设线程。配置不高或者想快速获得结果情况下，可拆分query序列（蛋白/cDNA/mRNA/EST），进行并行比对，最后进行合并。尤其是tblastn之类的软件，必须这样才行。否则建议尝试用spaln（影响力较低，没用过，还不好说）。