KEGG Orthology数据库不仅对基因的功能进行了扩充和整理，还对功能进行了细致的分类；
针对基因的功能，共有3级分类，第一级有6个大类；
打开下面这个链接 http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?ko00001.keg， 可以看到 如下所示的一级分类
在左上角的4个灰色的朝下的三角形指示了不同的分类层级，第一个代表一级分类，第二个代表二级分类，第三个代表三级分类，第四个代表全部展开；
一级分类包含 代谢相关，遗传信息处理，环境因素处理，细胞过程，生物系统，人类疾病共6个大类；每个大类又对应不同的二级分类和三级分类；
以代谢为例， 对应的二级分类有
在 代谢 这个大类下面，又分为碳水化合物代谢， 脂质代谢，氨基酸代谢，核酸代谢等共13个二级分类，在二级分类下面，又有对应的三级分类
以Overview 为例，包含碳代谢， 脂肪酸代谢等三级分类；
对于某一个基因来说，其产物的功能一般会有多个方面的作用，比如在代谢中发挥作用，在细胞组分中也会发挥作用，所以一个K number 会出现在多个分类中,利用KEGG 的API 可以直接返回某个K number 对应的具体信息，格式如下
http://rest.kegg.jp/get/Knumber
以K00844 为例，http://rest.kegg.jp/get/K00844 会返回这个KO对应的信息
可以看到，K00844 在代谢，环境因素处理，生物系统，人类疾病等方面都发挥了作用