REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。
REPuter 是可在线注释， 详情可戳参考文献、 Robert* REPuter: The Manifold Applications of Repeat Analysis on a Genomic Scale
其中重复序列的4种类型如下所示
1 示例文件操作
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进入网站后，点击Submission, 而后使用示例文件example即可，点击Next
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选择预测重复序列类型即，如果使用Hamming distance 则 $\color{red}{Edit distance}$ 不用选即可
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直接点击Start 即可
2 结果显示
运行结束后，会得到如下页面，其中interactive viewer 重复序列图片显示，但是我们可以点击Download就会得到最终注释的文件。
最终的重复序列文件如下所示
# 235 -3 8 /var/bibiserv2/a
11 41 R 11 41 0 3.70e-03
13 51 C 13 148 -1 9.03e-03
15 37 R 15 41 -2 1.37e-02
15 149 R 15 149 -2 1.37e-02
10 150 R 10 150 0 1.48e-02
10 181 R 10 181 0 1.48e-02
14 145 R 14 150 -2 4.74e-02
16 47 P 16 153 -3 5.47e-02
...
第一行 235: 序列长度， 后面的-3，8 分别为maximum allowed distance， minimum repeat size
下面每一列的分别为：
- 重复第一部分序列长度
- 重复第一部分起始位置
- 重复类型
- 重复第二部分序列长度
- 重复第二部分起始位置
- 重复距离
- E-value