在调试Nios程序阶段，通常需要先将配置文件（*.sof）通过 JTAG 下载刡到FPGA 中，接着在Nios II IDE窗口中，右击工程名，选择Debug as -> Nios II hardware 来实现内核软件的调试，调试中的代码在开发板再次上电后会丢失，如何固化Nios程序呢，详细步骤如下：
1. 下载配置文件（*.sof）
首先，需要将 usb blaster 与开发板连接，我们先将其与开发板的 JTAG 模式接口相连。然后我们打开 NIOS IDE 软件（假设我们已经将工程编译好了），打开后，点击下图所示红圈处
点击后，如下图所示，然后点击下图红圈处（Add File）
点击后，如下图所示，选择 led.sof
选择后，如下图所示，然后点击 Start
点击后，成功了如下图所示
2. 下载内核软件程序（*.elf）
接下来开始下载程序到 EPCSx 中，我们必须将配置信息和 NIOS 程序同时下载到配置芯片中，点击下图所示红圈处
点击后，如下图所示，其中需要将红圈 1、 2、 4 选中，红圈 3 不用选。
选中红圈1 是将 NIOS 软件程序写到 FLASH 中，而到底是写到哪里，是由前面我们讲过的 CPU中 Reset Vector 的 memory 决定。也就是说，我们之前选择了 epcs，那么我们就是将代码下载到EPCSX 中了。
选中红圈 2 是将 FPGA 的配置文件下载到FLASH 中，而这里到底下载到哪是由红圈 5 处决定的，我们在这里还是选择 epcs，就是将配置文件下载到 EPCSX 中。其实 EPCSX 实质就是一种串行的 FLASH。
红圈 3 是将文件下载到 flash 中，比如说字库文件啊，波形文件啊等等，将这些文件直接存储到FLASH 中，只需要读取就可以了。不过这个选项跟我们下载配置文件和 NIOS程序时没有关系的，所以返里不选择它。
圈4勾选的是Validata Nios II system ID before software download，即在下载软件程序之前要确认系统的ID号，这样每次在QuartusII中修改“硬件”（即.sof文件）或在Nios II IDE中修改“软件”(即.elf文件)后能报警提示，确保硬件与软件最新版本同步。
上面选择好以后，点击 Apply，然后点击 Program Flash，就可以开始烧写 FLASH了，至此，如何将 FPGA 配置文件和 NIOS 的程序下载到 EPCSx（x 为 1,4,16…）里面的过程就说完了。
3. 参考：
（1）NIOSII那些事儿 REV7.0_完整版-CSDN下载
https://download.csdn.net/download/snaking616/10719292
（2）Altera FPGA带NiosII内核程序的JTAG下载方法总结_百度文库
https://wenku.baidu.com/view/5fd49863f18583d048645950.html
转载：https://blog.csdn.net/snaking616/article/details/83064887